我现在遇到了一个关于存储库的问题，尽管我的Git-fu通常很好，但我似乎无法解决这个问题。
当我克隆这个存储库，然后cd到存储库，git状态显示几个文件被更改。注意:我没有在任何编辑器或其他工具中打开存储库。
我试着遵循这个指南:http://help.github.com/dealing-with-lineendings/，但这对我的问题一点帮助都没有。
我试过git checkout。很多次，但似乎什么也没做。
我使用的是Mac，存储库本身没有子模块。
Mac上的文件系统是“Journaled HFS+”文件系统，不区分大小写。这些文件只有一行，每个文件大约79 KB(是的，您没有听错)，因此查看git diff并没有特别有用。我听说过git的全局核心配置。trustctime false，这可能有帮助，当我回到存储库的计算机上时，我会尝试。
我用事实改变了文件系统的细节!我尝试了git配置——全局核心。Trustctime假把戏，效果不太好。
当前回答
我将本地存储库复制到另一个文件夹，出现了一堆修改过的文件。 我的解决方法是:将修改过的文件存储起来，然后删除存储。存储库变得干净了。
其他回答
这个问题也可能由不同的文件权限引起，就像我的情况一样:
新克隆的存储库(Windows, Cygwin):
$ git ls-tree HEAD
100755 blob 8099ea496a2c78d71125d79a05855f60ebf07904 testfile
↑↑↑
裸远程存储库(Linux):
$ git ls-tree HEAD
100644 blob 8099ea496a2c78d71125d79a05855f60ebf07904 testfile
↑↑↑
我也有同样的问题。在Mac上也是如此。在Linux机器上查看存储库，我注意到我有两个文件:
geoip.dat和geoip.dat
我在Linux机器上删除了废弃的版本，并将存储库再次克隆到Mac上。当存在副本时，我无法提取、提交、保存或从我的存储库副本中提取。
对于新版本的macOS，这可能是由操作系统的安全特性引起的。
在我工作的存储库中，有一个二进制文件带有*。App作为文件类型。
这只是一些序列化的数据，但macOS处理所有*。App文件作为一个应用程序，由于该文件没有被用户下载，系统认为它是不安全的，并添加了com.apple.quarantine文件属性，以确保该文件不能执行。
但是在文件上设置这个属性也会改变文件，因此它会显示在Git更改集中，而没有任何恢复它的方法。
您可以通过运行$ xattr file.app来检查是否有相同的问题。
解决方案非常简单，只要您不需要使用该文件。只要加上*。应用二进制到你的.gitattributes。
我猜你用的是Windows。你链接到的GitHub页面的细节是相反的。问题是CR + LF行结束已经提交到存储库，因为您有核心。如果将selflf设置为true或input, Git希望将行结束符转换为LF，因此Git状态显示每个文件都被更改了。
如果这是一个您只想访问但不涉及的存储库，则可以运行以下命令来仅仅隐藏问题，而不实际解决问题。
git config core.autocrlf false
如果这是一个您将积极参与并可以提交更改的存储库。您可能希望通过提交将存储库中的所有行结束符更改为使用LF而不是CR + LF来修复这个问题，然后采取措施防止将来再次发生这种情况。
下面的代码直接取自gitattributes手册页，应该在一个干净的工作目录中执行。
echo "* text=auto" >>.gitattributes
rm .git/index # Remove the index to force Git to
git reset # re-scan the working directory.
git status # Show files that will be normalized.
git add -u
git add .gitattributes
git commit -m "Introduce end-of-line normalization"
如果在git状态中出现了任何不应该被规范化的文件，在运行git add -u之前取消设置它们的文本属性。
manual.pdf -text
相反，Git不检测的文本文件可以手动启用规范化。
weirdchars.txt text
git config core.fileMode false
解决了我的这个问题
https://git-scm.com/docs/git-config
TL; diana;
core.fileMode
如果为false，则忽略索引和工作树之间的可执行位差异;对FAT等损坏的文件系统很有用。看到git-update-index(1)。
默认为true，除非git-clone(1)或git-init(1)将探测和设置core。在创建存储库时，fileMode为false(如果合适)。
