如何将熊猫数据帧转换为NumPy数组?

DataFrame:

import numpy as np
import pandas as pd

index = [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7]
a = [np.nan, np.nan, np.nan, 0.1, 0.1, 0.1, 0.1]
b = [0.2, np.nan, 0.2, 0.2, 0.2, np.nan, np.nan]
c = [np.nan, 0.5, 0.5, np.nan, 0.5, 0.5, np.nan]
df = pd.DataFrame({'A': a, 'B': b, 'C': c}, index=index)
df = df.rename_axis('ID')

给了

label   A    B    C
ID                                 
1   NaN  0.2  NaN
2   NaN  NaN  0.5
3   NaN  0.2  0.5
4   0.1  0.2  NaN
5   0.1  0.2  0.5
6   0.1  NaN  0.5
7   0.1  NaN  NaN

我想把它转换成一个NumPy数组,像这样:

array([[ nan,  0.2,  nan],
       [ nan,  nan,  0.5],
       [ nan,  0.2,  0.5],
       [ 0.1,  0.2,  nan],
       [ 0.1,  0.2,  0.5],
       [ 0.1,  nan,  0.5],
       [ 0.1,  nan,  nan]])

另外,是否可以像这样保存dtype ?

array([[ 1, nan,  0.2,  nan],
       [ 2, nan,  nan,  0.5],
       [ 3, nan,  0.2,  0.5],
       [ 4, 0.1,  0.2,  nan],
       [ 5, 0.1,  0.2,  0.5],
       [ 6, 0.1,  nan,  0.5],
       [ 7, 0.1,  nan,  nan]],
     dtype=[('ID', '<i4'), ('A', '<f8'), ('B', '<f8'), ('B', '<f8')])

当前回答

将数据帧转换为numpy数组表示的两种方法。

mah_np_array = df.as_matrix(columns=None) Mah_np_array = df.values

医生:https://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/generated/pandas.DataFrame.as_matrix.html

其他回答

使用df.to_numpy ()

它比df好。价值观,这就是为什么

现在是弃用values和as_matrix()的时候了。

pandas v0.24.0引入了两个从pandas对象中获取NumPy数组的新方法:

to_numpy(),它定义在Index、Series和DataFrame对象上 数组,它只在Index和Series对象上定义。

如果你访问v0.24文档中的.values,你会看到一个大大的红色警告,上面写着:

警告:我们建议使用DataFrame.to_numpy()代替。

有关更多信息,请参阅v0.24.0发行说明的这一部分和这个答案。

* - to_numpy()是我推荐的方法,适用于任何需要在未来的许多版本中可靠运行的生产代码。但是,如果您只是在jupyter或终端中制作一个便签本,使用.values来节省几毫秒的输入时间是允许的例外。你可以随时添加合适的n完成后。



更好的一致性:to_numpy()

为了在整个API中保持更好的一致性,引入了一个新的to_numpy方法,用于从dataframe中提取底层NumPy数组。

# Setup
df = pd.DataFrame(data={'A': [1, 2, 3], 'B': [4, 5, 6], 'C': [7, 8, 9]}, 
                  index=['a', 'b', 'c'])

# Convert the entire DataFrame
df.to_numpy()
# array([[1, 4, 7],
#        [2, 5, 8],
#        [3, 6, 9]])

# Convert specific columns
df[['A', 'C']].to_numpy()
# array([[1, 7],
#        [2, 8],
#        [3, 9]])

如上所述,此方法也定义在Index和Series对象上(参见这里)。

df.index.to_numpy()
# array(['a', 'b', 'c'], dtype=object)

df['A'].to_numpy()
#  array([1, 2, 3])

默认情况下,将返回一个视图,因此所做的任何修改都将影响原始视图。

v = df.to_numpy()
v[0, 0] = -1
 
df
   A  B  C
a -1  4  7
b  2  5  8
c  3  6  9

如果需要复制,则使用to_numpy(copy=True)。


pandas >=扩展类型1.0更新

如果你用的是熊猫。X,您可能会更多地处理扩展类型。您必须更加小心地确保这些扩展类型被正确地转换。

a = pd.array([1, 2, None], dtype="Int64")                                  
a                                                                          

<IntegerArray>
[1, 2, <NA>]
Length: 3, dtype: Int64 

# Wrong
a.to_numpy()                                                               
# array([1, 2, <NA>], dtype=object)  # yuck, objects

# Correct
a.to_numpy(dtype='float', na_value=np.nan)                                 
# array([ 1.,  2., nan])

# Also correct
a.to_numpy(dtype='int', na_value=-1)
# array([ 1,  2, -1])

这在文档中被提到了。


如果你需要结果中的dtypes…

如另一个答案DataFrame所示。To_records是一种很好的方法。

df.to_records()
# rec.array([('a', 1, 4, 7), ('b', 2, 5, 8), ('c', 3, 6, 9)],
#           dtype=[('index', 'O'), ('A', '<i8'), ('B', '<i8'), ('C', '<i8')])

不幸的是,to_numpy不能做到这一点。然而,作为替代,你可以使用np.rec.fromrecords:

v = df.reset_index()
np.rec.fromrecords(v, names=v.columns.tolist())
# rec.array([('a', 1, 4, 7), ('b', 2, 5, 8), ('c', 3, 6, 9)],
#           dtype=[('index', '<U1'), ('A', '<i8'), ('B', '<i8'), ('C', '<i8')])

在性能方面,它们几乎是相同的(实际上,使用rec.fromrecords要快一些)。

df2 = pd.concat([df] * 10000)

%timeit df2.to_records()
%%timeit
v = df2.reset_index()
np.rec.fromrecords(v, names=v.columns.tolist())

12.9 ms ± 511 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)
9.56 ms ± 291 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)


添加新方法的基本原理

to_numpy()(除了数组之外)是在两个GitHub问题GH19954和GH23623下讨论的结果。

具体来说,文档中提到了基本原理:

[…返回值是否为.values还不清楚 实际的阵列,它的一些变换,或熊猫的习俗之一 数组(如Categorical)。例如,对于PeriodIndex, .values 每次生成一个新的周期对象ndarray。[…]

to_numpy旨在提高API的一致性,这是朝着正确方向迈出的重要一步。.values在当前版本中不会被弃用,但我预计这在未来的某个时候可能会发生,因此我会敦促用户尽快迁移到更新的API。



其他解决方案的批评

DataFrame。如前所述,Values具有不一致的行为。

DataFrame.get_values()在v1.0中被悄悄删除,之前在v0.25中已弃用。在此之前,它只是一个DataFrame的包装器。价值观,所以上面所说的一切都适用。

datafframe .as_matrix()在v1.0中被移除,之前在v0.23中已弃用。不要使用!

注意:这个答案中使用的.as_matrix()方法已弃用。熊猫0.23.4警告:

方法.as_matrix将在未来的版本中被删除。请改用.values。


熊猫有某种内在的东西……

numpy_matrix = df.as_matrix()

给了

array([[nan, 0.2, nan],
       [nan, nan, 0.5],
       [nan, 0.2, 0.5],
       [0.1, 0.2, nan],
       [0.1, 0.2, 0.5],
       [0.1, nan, 0.5],
       [0.1, nan, nan]])

刚刚从dataframe导出到arcgis表时遇到了类似的问题,并无意中发现了usgs (https://my.usgs.gov/confluence/display/cdi/pandas.DataFrame+to+ArcGIS+Table)的解决方案。 简而言之,你的问题有一个类似的解决方案:

df

      A    B    C
ID               
1   NaN  0.2  NaN
2   NaN  NaN  0.5
3   NaN  0.2  0.5
4   0.1  0.2  NaN
5   0.1  0.2  0.5
6   0.1  NaN  0.5
7   0.1  NaN  NaN

np_data = np.array(np.rec.fromrecords(df.values))
np_names = df.dtypes.index.tolist()
np_data.dtype.names = tuple([name.encode('UTF8') for name in np_names])

np_data

array([( nan,  0.2,  nan), ( nan,  nan,  0.5), ( nan,  0.2,  0.5),
       ( 0.1,  0.2,  nan), ( 0.1,  0.2,  0.5), ( 0.1,  nan,  0.5),
       ( 0.1,  nan,  nan)], 
      dtype=(numpy.record, [('A', '<f8'), ('B', '<f8'), ('C', '<f8')]))

除了meteore的答案,我还找到了密码

df.index = df.index.astype('i8')

对我没用。所以我把我的代码放在这里,以方便其他被这个问题困扰的人。

city_cluster_df = pd.read_csv(text_filepath, encoding='utf-8')
# the field 'city_en' is a string, when converted to Numpy array, it will be an object
city_cluster_arr = city_cluster_df[['city_en','lat','lon','cluster','cluster_filtered']].to_records()
descr=city_cluster_arr.dtype.descr
# change the field 'city_en' to string type (the index for 'city_en' here is 1 because before the field is the row index of dataframe)
descr[1]=(descr[1][0], "S20")
newArr=city_cluster_arr.astype(np.dtype(descr))

我只需要链接DataFrame.reset_index()和DataFrame。values函数来获取数据帧的Numpy表示,包括索引:

In [8]: df
Out[8]: 
          A         B         C
0 -0.982726  0.150726  0.691625
1  0.617297 -0.471879  0.505547
2  0.417123 -1.356803 -1.013499
3 -0.166363 -0.957758  1.178659
4 -0.164103  0.074516 -0.674325
5 -0.340169 -0.293698  1.231791
6 -1.062825  0.556273  1.508058
7  0.959610  0.247539  0.091333

[8 rows x 3 columns]

In [9]: df.reset_index().values
Out[9]:
array([[ 0.        , -0.98272574,  0.150726  ,  0.69162512],
       [ 1.        ,  0.61729734, -0.47187926,  0.50554728],
       [ 2.        ,  0.4171228 , -1.35680324, -1.01349922],
       [ 3.        , -0.16636303, -0.95775849,  1.17865945],
       [ 4.        , -0.16410334,  0.0745164 , -0.67432474],
       [ 5.        , -0.34016865, -0.29369841,  1.23179064],
       [ 6.        , -1.06282542,  0.55627285,  1.50805754],
       [ 7.        ,  0.95961001,  0.24753911,  0.09133339]])

为了获得dtypes,我们需要使用view将ndarray转换为结构化数组:

In [10]: df.reset_index().values.ravel().view(dtype=[('index', int), ('A', float), ('B', float), ('C', float)])
Out[10]:
array([( 0, -0.98272574,  0.150726  ,  0.69162512),
       ( 1,  0.61729734, -0.47187926,  0.50554728),
       ( 2,  0.4171228 , -1.35680324, -1.01349922),
       ( 3, -0.16636303, -0.95775849,  1.17865945),
       ( 4, -0.16410334,  0.0745164 , -0.67432474),
       ( 5, -0.34016865, -0.29369841,  1.23179064),
       ( 6, -1.06282542,  0.55627285,  1.50805754),
       ( 7,  0.95961001,  0.24753911,  0.09133339),
       dtype=[('index', '<i8'), ('A', '<f8'), ('B', '<f8'), ('C', '<f8')])