如何在numpy数组中找到最近的值?例子:
np.find_nearest(array, value)
如何在numpy数组中找到最近的值?例子:
np.find_nearest(array, value)
当前回答
下面是一个使用2D数组的版本,如果用户拥有scipy的cdist函数,则使用它,如果用户没有,则使用更简单的距离计算。
默认情况下,输出是最接近输入值的索引,但您可以使用output关键字将其更改为'index', 'value'或'both'之一,其中'value'输出数组[index], 'both'输出索引,数组[index]。
对于非常大的数组,您可能需要使用kind='euclidean',因为默认的scipy cdist函数可能会耗尽内存。
这可能不是绝对最快的解决方案,但已经很接近了。
def find_nearest_2d(array, value, kind='cdist', output='index'):
# 'array' must be a 2D array
# 'value' must be a 1D array with 2 elements
# 'kind' defines what method to use to calculate the distances. Can choose one
# of 'cdist' (default) or 'euclidean'. Choose 'euclidean' for very large
# arrays. Otherwise, cdist is much faster.
# 'output' defines what the output should be. Can be 'index' (default) to return
# the index of the array that is closest to the value, 'value' to return the
# value that is closest, or 'both' to return index,value
import numpy as np
if kind == 'cdist':
try: from scipy.spatial.distance import cdist
except ImportError:
print("Warning (find_nearest_2d): Could not import cdist. Reverting to simpler distance calculation")
kind = 'euclidean'
index = np.where(array == value)[0] # Make sure the value isn't in the array
if index.size == 0:
if kind == 'cdist': index = np.argmin(cdist([value],array)[0])
elif kind == 'euclidean': index = np.argmin(np.sum((np.array(array)-np.array(value))**2.,axis=1))
else: raise ValueError("Keyword 'kind' must be one of 'cdist' or 'euclidean'")
if output == 'index': return index
elif output == 'value': return array[index]
elif output == 'both': return index,array[index]
else: raise ValueError("Keyword 'output' must be one of 'index', 'value', or 'both'")
其他回答
如果你的数组已经排序并且非常大,这是一个更快的解决方案:
def find_nearest(array,value):
idx = np.searchsorted(array, value, side="left")
if idx > 0 and (idx == len(array) or math.fabs(value - array[idx-1]) < math.fabs(value - array[idx])):
return array[idx-1]
else:
return array[idx]
这可以扩展到非常大的阵列。如果不能假定数组已经排序,可以很容易地修改上面的内容以在方法中排序。对于小型数组来说,这是多余的,但一旦它们变大,这就快得多了。
对于大型数组,@Demitri给出的(优秀)答案比目前标记为最佳的答案快得多。我从以下两个方面调整了他的精确算法:
不管输入数组是否排序,下面的函数都有效。 下面的函数返回与最接近的值对应的输入数组的索引,这有点更一般。
请注意,下面的函数还处理了一个特定的边缘情况,这将导致@Demitri编写的原始函数中的错误。否则,我的算法和他的一样。
def find_idx_nearest_val(array, value):
idx_sorted = np.argsort(array)
sorted_array = np.array(array[idx_sorted])
idx = np.searchsorted(sorted_array, value, side="left")
if idx >= len(array):
idx_nearest = idx_sorted[len(array)-1]
elif idx == 0:
idx_nearest = idx_sorted[0]
else:
if abs(value - sorted_array[idx-1]) < abs(value - sorted_array[idx]):
idx_nearest = idx_sorted[idx-1]
else:
idx_nearest = idx_sorted[idx]
return idx_nearest
如果你有很多值需要搜索(值可以是多维数组),下面是@Dimitri的快速向量化解决方案:
# `values` should be sorted
def get_closest(array, values):
# make sure array is a numpy array
array = np.array(array)
# get insert positions
idxs = np.searchsorted(array, values, side="left")
# find indexes where previous index is closer
prev_idx_is_less = ((idxs == len(array))|(np.fabs(values - array[np.maximum(idxs-1, 0)]) < np.fabs(values - array[np.minimum(idxs, len(array)-1)])))
idxs[prev_idx_is_less] -= 1
return array[idxs]
基准
>使用@Demitri的解决方案比使用for循环快100倍”
>>> %timeit ar=get_closest(np.linspace(1, 1000, 100), np.random.randint(0, 1050, (1000, 1000)))
139 ms ± 4.04 ms per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10 loops each)
>>> %timeit ar=[find_nearest(np.linspace(1, 1000, 100), value) for value in np.random.randint(0, 1050, 1000*1000)]
took 21.4 seconds
下面是一个处理非标量“values”数组的版本:
import numpy as np
def find_nearest(array, values):
indices = np.abs(np.subtract.outer(array, values)).argmin(0)
return array[indices]
如果输入是标量,则返回数字类型(例如int, float)的版本:
def find_nearest(array, values):
values = np.atleast_1d(values)
indices = np.abs(np.subtract.outer(array, values)).argmin(0)
out = array[indices]
return out if len(out) > 1 else out[0]
对于那些搜索多个最接近的,修改接受的答案:
import numpy as np
def find_nearest(array, value, k):
array = np.asarray(array)
idx = np.argsort(abs(array - value))[:k]
return array[idx]
看到的: https://stackoverflow.com/a/66937734/11671779