我需要在numpy.array中找到唯一的行。

例如:

>>> a # I have
array([[1, 1, 1, 0, 0, 0],
       [0, 1, 1, 1, 0, 0],
       [0, 1, 1, 1, 0, 0],
       [1, 1, 1, 0, 0, 0],
       [1, 1, 1, 1, 1, 0]])
>>> new_a # I want to get to
array([[1, 1, 1, 0, 0, 0],
       [0, 1, 1, 1, 0, 0],
       [1, 1, 1, 1, 1, 0]])

我知道我可以创建一个集和循环数组,但我正在寻找一个有效的纯numpy解决方案。我相信有一种方法可以将数据类型设置为void,然后我可以使用numpy。唯一的,但我不知道如何让它工作。


当前回答

让我们以列表的形式获取整个numpy矩阵,然后从这个列表中删除重复项,最后将我们唯一的列表返回到numpy矩阵中:

matrix_as_list=data.tolist() 
matrix_as_list:
[[1, 1, 1, 0, 0, 0], [0, 1, 1, 1, 0, 0], [0, 1, 1, 1, 0, 0], [1, 1, 1, 0, 0, 0], [1, 1, 1, 1, 1, 0]]

uniq_list=list()
uniq_list.append(matrix_as_list[0])

[uniq_list.append(item) for item in matrix_as_list if item not in uniq_list]

unique_matrix=np.array(uniq_list)
unique_matrix:
array([[1, 1, 1, 0, 0, 0],
       [0, 1, 1, 1, 0, 0],
       [1, 1, 1, 1, 1, 0]])

其他回答

除了@Jaime出色的回答,另一种折叠一行的方法是使用a.strides[0](假设a是c -毗连的),它等于a.dtype.itemsize* a.c nshape[0]。此外,void(n)是dtype((void,n))的快捷方式。我们最终得到了这个最短的版本:

a[unique(a.view(void(a.strides[0])),1)[1]]

For

[[0 1 1 1 0 0]
 [1 1 1 0 0 0]
 [1 1 1 1 1 0]]

使用结构化数组的另一种选择是使用void类型的视图,将整行连接成单个项:

a = np.array([[1, 1, 1, 0, 0, 0],
              [0, 1, 1, 1, 0, 0],
              [0, 1, 1, 1, 0, 0],
              [1, 1, 1, 0, 0, 0],
              [1, 1, 1, 1, 1, 0]])

b = np.ascontiguousarray(a).view(np.dtype((np.void, a.dtype.itemsize * a.shape[1])))
_, idx = np.unique(b, return_index=True)

unique_a = a[idx]

>>> unique_a
array([[0, 1, 1, 1, 0, 0],
       [1, 1, 1, 0, 0, 0],
       [1, 1, 1, 1, 1, 0]])

编辑 添加np。as毗连数组遵循@seberg的建议。如果数组不是连续的,这将降低方法的速度。

编辑 以上内容可以稍微加快,但代价可能是不清楚,可以这样做:

unique_a = np.unique(b).view(a.dtype).reshape(-1, a.shape[1])

此外,至少在我的系统上,性能方面它是相同的,甚至更好,比lexsort方法:

a = np.random.randint(2, size=(10000, 6))

%timeit np.unique(a.view(np.dtype((np.void, a.dtype.itemsize*a.shape[1])))).view(a.dtype).reshape(-1, a.shape[1])
100 loops, best of 3: 3.17 ms per loop

%timeit ind = np.lexsort(a.T); a[np.concatenate(([True],np.any(a[ind[1:]]!=a[ind[:-1]],axis=1)))]
100 loops, best of 3: 5.93 ms per loop

a = np.random.randint(2, size=(10000, 100))

%timeit np.unique(a.view(np.dtype((np.void, a.dtype.itemsize*a.shape[1])))).view(a.dtype).reshape(-1, a.shape[1])
10 loops, best of 3: 29.9 ms per loop

%timeit ind = np.lexsort(a.T); a[np.concatenate(([True],np.any(a[ind[1:]]!=a[ind[:-1]],axis=1)))]
10 loops, best of 3: 116 ms per loop

np。Unique的工作原理是对一个扁平数组排序,然后查看每一项是否等于前一项。这可以手动完成,无需压平:

ind = np.lexsort(a.T)
a[ind[np.concatenate(([True],np.any(a[ind[1:]]!=a[ind[:-1]],axis=1)))]]

这个方法不使用元组,应该比这里给出的其他方法更快更简单。

注意:以前的版本在A[后面没有ind,这意味着使用了错误的索引。另外,Joe Kington提出了一个很好的观点,这确实产生了各种各样的中间副本。下面的方法通过创建一个排序副本,然后使用它的视图来生成更少的副本:

b = a[np.lexsort(a.T)]
b[np.concatenate(([True], np.any(b[1:] != b[:-1],axis=1)))]

这样更快,使用的内存更少。

同样,如果你想在ndarray中找到唯一的行,而不管数组中有多少个维度,下面的方法可以工作:

b = a[lexsort(a.reshape((a.shape[0],-1)).T)];
b[np.concatenate(([True], np.any(b[1:]!=b[:-1],axis=tuple(range(1,a.ndim)))))]

剩下的一个有趣的问题是,如果你想沿着任意维度数组的任意轴进行排序/惟一,这将更加困难。

编辑:

为了演示速度差异,我在ipython中对答案中描述的三种不同方法进行了一些测试。使用你的精确的a,没有太大的区别,尽管这个版本稍微快一点:

In [87]: %timeit unique(a.view(dtype)).view('<i8')
10000 loops, best of 3: 48.4 us per loop

In [88]: %timeit ind = np.lexsort(a.T); a[np.concatenate(([True], np.any(a[ind[1:]]!= a[ind[:-1]], axis=1)))]
10000 loops, best of 3: 37.6 us per loop

In [89]: %timeit b = [tuple(row) for row in a]; np.unique(b)
10000 loops, best of 3: 41.6 us per loop

然而,使用更大的a,这个版本最终会快得多:

In [96]: a = np.random.randint(0,2,size=(10000,6))

In [97]: %timeit unique(a.view(dtype)).view('<i8')
10 loops, best of 3: 24.4 ms per loop

In [98]: %timeit b = [tuple(row) for row in a]; np.unique(b)
10 loops, best of 3: 28.2 ms per loop

In [99]: %timeit ind = np.lexsort(a.T); a[np.concatenate(([True],np.any(a[ind[1:]]!= a[ind[:-1]],axis=1)))]
100 loops, best of 3: 3.25 ms per loop

对于一般用途,如3D或更高的多维嵌套数组,可以尝试这样做:

import numpy as np

def unique_nested_arrays(ar):
    origin_shape = ar.shape
    origin_dtype = ar.dtype
    ar = ar.reshape(origin_shape[0], np.prod(origin_shape[1:]))
    ar = np.ascontiguousarray(ar)
    unique_ar = np.unique(ar.view([('', origin_dtype)]*np.prod(origin_shape[1:])))
    return unique_ar.view(origin_dtype).reshape((unique_ar.shape[0], ) + origin_shape[1:])

满足你的2D数据集:

a = np.array([[1, 1, 1, 0, 0, 0],
       [0, 1, 1, 1, 0, 0],
       [0, 1, 1, 1, 0, 0],
       [1, 1, 1, 0, 0, 0],
       [1, 1, 1, 1, 1, 0]])
unique_nested_arrays(a)

给:

array([[0, 1, 1, 1, 0, 0],
   [1, 1, 1, 0, 0, 0],
   [1, 1, 1, 1, 1, 0]])

还有3D数组,比如:

b = np.array([[[1, 1, 1], [0, 1, 1]],
              [[0, 1, 1], [1, 1, 1]],
              [[1, 1, 1], [0, 1, 1]],
              [[1, 1, 1], [1, 1, 1]]])
unique_nested_arrays(b)

给:

array([[[0, 1, 1], [1, 1, 1]],
   [[1, 1, 1], [0, 1, 1]],
   [[1, 1, 1], [1, 1, 1]]])

我比较了速度的建议替代方案,惊奇地发现,void视图唯一解决方案甚至比numpy的带有axis参数的本机唯一解决方案还要快一点。如果你想要速度,你会想要

numpy.unique(
    a.view(numpy.dtype((numpy.void, a.dtype.itemsize*a.shape[1])))
).view(a.dtype).reshape(-1, a.shape[1])

我已经在npx.unique_rows中实现了最快的变体。

在GitHub上也有一个bug报告。


代码重现情节:

import numpy
import perfplot


def unique_void_view(a):
    return (
        numpy.unique(a.view(numpy.dtype((numpy.void, a.dtype.itemsize * a.shape[1]))))
        .view(a.dtype)
        .reshape(-1, a.shape[1])
    )


def lexsort(a):
    ind = numpy.lexsort(a.T)
    return a[
        ind[numpy.concatenate(([True], numpy.any(a[ind[1:]] != a[ind[:-1]], axis=1)))]
    ]


def vstack(a):
    return numpy.vstack([tuple(row) for row in a])


def unique_axis(a):
    return numpy.unique(a, axis=0)


perfplot.show(
    setup=lambda n: numpy.random.randint(2, size=(n, 20)),
    kernels=[unique_void_view, lexsort, vstack, unique_axis],
    n_range=[2 ** k for k in range(15)],
    xlabel="len(a)",
    equality_check=None,
)