如果您想将来自存储库B分支的文件放在存储库a的子树中，并保留历史记录，请继续阅读。（在下面的示例中，我假设我们希望回购协议B的主分支合并为回购协议A的主分支。）

在回购协议A中，首先执行以下操作以使回购协议B可用：

git remote add B ../B # Add repo B as a new remote.
git fetch B

现在我们在回购a中创建了一个全新的分支（只有一个提交），我们称之为new_b_root。生成的提交将包含在repo B的主分支的第一次提交中提交的文件，但这些文件放在名为path/to/B-files/的子目录中。

git checkout --orphan new_b_root master
git rm -rf . # Remove all files.
git cherry-pick -n `git rev-list --max-parents=0 B/master`
mkdir -p path/to/b-files
git mv README path/to/b-files/
git commit --date="$(git log --format='%ai' $(git rev-list --max-parents=0 B/master))"

解释：checkout命令的--孤儿选项从A的主分支检出文件，但不创建任何提交。我们可以选择任何提交，因为接下来我们无论如何都要清除所有文件。然后，在尚未提交（-n）的情况下，我们从B的主分支中选择第一个提交。（cherry pick保留了原始的提交消息，而直接签出似乎无法做到这一点。）然后我们创建一个子树，将所有来自repo B的文件放在那里。然后我们必须将cherry stick中引入的所有文件移动到子树中。在上面的示例中，只有一个README文件可以移动。然后我们提交B-repo根提交，同时，我们还保留原始提交的时间戳。

现在，我们将在新创建的new_B_root上创建一个新的B/master分支。我们称新分支为b：

git checkout -b b B/master
git rebase -s recursive -Xsubtree=path/to/b-files/ new_b_root

现在，我们将b分支合并为A/master：

git checkout master
git merge --allow-unrelated-histories --no-commit b
git commit -m 'Merge repo B into repo A.'

最后，您可以删除B个远程和临时分支：

git remote remove B
git branch -D new_b_root b

最终图形的结构如下：

如果两个存储库都有相同类型的文件（就像两个Rails存储库用于不同的项目），您可以将辅助存储库的数据提取到当前存储库中：

git fetch git://repository.url/repo.git master:branch_name

然后将其合并到当前存储库：

git merge --allow-unrelated-histories branch_name

如果您的Git版本小于2.9，请删除--允许不相关的历史记录。

在此之后，可能会发生冲突。例如，可以使用gitmergetool来解析它们。kdiff3只能与键盘一起使用，因此在读取代码时仅需几分钟，就会产生5个冲突文件。

记住完成合并：

git commit

以下是两种可能的解决方案：

子模块

要么将存储库A复制到较大项目B中的单独目录中，要么（也许更好）将存储库B克隆到项目B的子目录中。然后使用git子模块将此存储库设置为存储库B的子模块。

对于松散耦合的存储库来说，这是一个很好的解决方案，存储库a中的开发仍在继续，而开发的主要部分是a中的独立开发。另请参阅GitWiki上的SubmoduleSupport和GitSubmoduleTutorial页面。

子树合并

您可以使用子树合并策略将存储库A合并到项目B的子目录中。Markus Prinz在《子树合并与你》中描述了这一点。

git remote add -f Bproject /path/to/B
git merge -s ours --allow-unrelated-histories --no-commit Bproject/master
git read-tree --prefix=dir-B/ -u Bproject/master
git commit -m "Merge B project as our subdirectory"
git pull -s subtree Bproject master

（选项--Git>=2.9.0需要允许不相关的历史记录。）

或者你可以使用apenwarr（Avery Pennarun）的git子树工具（GitHub上的存储库），例如，在他的博客文章《git子模块的新替代方案：git子树》中宣布了这一点。

我认为在您的情况下（A是大型项目B的一部分），正确的解决方案是使用子树合并。

给定命令是我建议的最佳解决方案。

git subtree add --prefix=MY_PROJECT git://github.com/project/my_project.git master

要在B中合并a：

1） 在项目A中

git fast-export --all --date-order > /tmp/ProjectAExport

2） 在项目B中

git checkout -b projectA
git fast-import --force < /tmp/ProjectAExport

在这个分支中，执行所有需要执行的操作并提交它们。

C） 然后回到主节点，两个分支之间进行经典合并：

git checkout master
git merge projectA

如果您试图简单地将两个存储库粘合在一起，那么子模块和子树合并是错误的工具，因为它们不能保留所有的文件历史记录（正如人们在其他答案中所指出的）。请参阅此处的答案，了解简单而正确的方法。