如果您想将来自存储库B分支的文件放在存储库a的子树中，并保留历史记录，请继续阅读。（在下面的示例中，我假设我们希望回购协议B的主分支合并为回购协议A的主分支。）

在回购协议A中，首先执行以下操作以使回购协议B可用：

git remote add B ../B # Add repo B as a new remote.
git fetch B

现在我们在回购a中创建了一个全新的分支（只有一个提交），我们称之为new_b_root。生成的提交将包含在repo B的主分支的第一次提交中提交的文件，但这些文件放在名为path/to/B-files/的子目录中。

git checkout --orphan new_b_root master
git rm -rf . # Remove all files.
git cherry-pick -n `git rev-list --max-parents=0 B/master`
mkdir -p path/to/b-files
git mv README path/to/b-files/
git commit --date="$(git log --format='%ai' $(git rev-list --max-parents=0 B/master))"

解释：checkout命令的--孤儿选项从A的主分支检出文件，但不创建任何提交。我们可以选择任何提交，因为接下来我们无论如何都要清除所有文件。然后，在尚未提交（-n）的情况下，我们从B的主分支中选择第一个提交。（cherry pick保留了原始的提交消息，而直接签出似乎无法做到这一点。）然后我们创建一个子树，将所有来自repo B的文件放在那里。然后我们必须将cherry stick中引入的所有文件移动到子树中。在上面的示例中，只有一个README文件可以移动。然后我们提交B-repo根提交，同时，我们还保留原始提交的时间戳。

现在，我们将在新创建的new_B_root上创建一个新的B/master分支。我们称新分支为b：

git checkout -b b B/master
git rebase -s recursive -Xsubtree=path/to/b-files/ new_b_root

现在，我们将b分支合并为A/master：

git checkout master
git merge --allow-unrelated-histories --no-commit b
git commit -m 'Merge repo B into repo A.'

最后，您可以删除B个远程和临时分支：

git remote remove B
git branch -D new_b_root b

最终图形的结构如下：

如果您想单独维护项目，子模块方法是很好的。然而，如果您真的想将两个项目合并到同一个存储库中，那么您还有更多的工作要做。

第一件事是使用gitfilter分支将第二个存储库中所有内容的名称重写到您希望它们结束的子目录中。因此，您将使用projb/foo.c和projb/bar.html代替foo.c和bar.html。

然后，您应该能够执行以下操作：

git remote add projb [wherever]
git pull projb

git pull将执行git fetch，然后执行git merge。如果您要拉到的存储库还没有projb/目录，那么应该不会有冲突。

进一步搜索表明，在将gitk合并为git时也做了类似的操作。Junio C Hamano在这里写道：http://www.mail-archive.com/git@vger.kernel.org/msg03395.html

以下是两种可能的解决方案：

子模块

要么将存储库A复制到较大项目B中的单独目录中，要么（也许更好）将存储库B克隆到项目B的子目录中。然后使用git子模块将此存储库设置为存储库B的子模块。

对于松散耦合的存储库来说，这是一个很好的解决方案，存储库a中的开发仍在继续，而开发的主要部分是a中的独立开发。另请参阅GitWiki上的SubmoduleSupport和GitSubmoduleTutorial页面。

子树合并

您可以使用子树合并策略将存储库A合并到项目B的子目录中。Markus Prinz在《子树合并与你》中描述了这一点。

git remote add -f Bproject /path/to/B
git merge -s ours --allow-unrelated-histories --no-commit Bproject/master
git read-tree --prefix=dir-B/ -u Bproject/master
git commit -m "Merge B project as our subdirectory"
git pull -s subtree Bproject master

（选项--Git>=2.9.0需要允许不相关的历史记录。）

或者你可以使用apenwarr（Avery Pennarun）的git子树工具（GitHub上的存储库），例如，在他的博客文章《git子模块的新替代方案：git子树》中宣布了这一点。

我认为在您的情况下（A是大型项目B的一部分），正确的解决方案是使用子树合并。

要在B中合并a：

1） 在项目A中

git fast-export --all --date-order > /tmp/ProjectAExport

2） 在项目B中

git checkout -b projectA
git fast-import --force < /tmp/ProjectAExport

在这个分支中，执行所有需要执行的操作并提交它们。

C） 然后回到主节点，两个分支之间进行经典合并：

git checkout master
git merge projectA

给定命令是我建议的最佳解决方案。

git subtree add --prefix=MY_PROJECT git://github.com/project/my_project.git master

我知道事情已经过去很久了，但我对我在这里找到的其他答案并不满意，所以我写了这样一篇文章：

me=$(basename $0)

TMP=$(mktemp -d /tmp/$me.XXXXXXXX)
echo 
echo "building new repo in $TMP"
echo
sleep 1

set -e

cd $TMP
mkdir new-repo
cd new-repo
    git init
    cd ..

x=0
while [ -n "$1" ]; do
    repo="$1"; shift
    git clone "$repo"
    dirname=$(basename $repo | sed -e 's/\s/-/g')
    if [[ $dirname =~ ^git:.*\.git$ ]]; then
        dirname=$(echo $dirname | sed s/.git$//)
    fi

    cd $dirname
        git remote rm origin
        git filter-branch --tree-filter \
            "(mkdir -p $dirname; find . -maxdepth 1 ! -name . ! -name .git ! -name $dirname -exec mv {} $dirname/ \;)"
        cd ..

    cd new-repo
        git pull --no-commit ../$dirname
        [ $x -gt 0 ] && git commit -m "merge made by $me"
        cd ..

    x=$(( x + 1 ))
done