要在B中合并a：

1） 在项目A中

git fast-export --all --date-order > /tmp/ProjectAExport

2） 在项目B中

git checkout -b projectA
git fast-import --force < /tmp/ProjectAExport

在这个分支中，执行所有需要执行的操作并提交它们。

C） 然后回到主节点，两个分支之间进行经典合并：

git checkout master
git merge projectA

另一个存储库的单个分支可以很容易地放在保留其历史的子目录下。例如：

git subtree add --prefix=rails git://github.com/rails/rails.git master

这将显示为一次提交，其中Rails主分支的所有文件都添加到“Rails”目录中。然而，提交的标题包含对旧历史树的引用：

从提交添加“rails/”<rev>

其中＜rev＞是SHA-1提交哈希。你仍然可以看到历史，责怪一些变化。

git log <rev>
git blame <rev> -- README.md

注意，从这里看不到目录前缀，因为这是一个完整的旧分支。您应该像通常的文件移动提交一样对待它：当到达它时，您需要额外的跳转。

# finishes with all files added at once commit
git log rails/README.md

# then continue from original tree
git log <rev> -- README.md

还有一些更复杂的解决方案，如手动执行此操作或如其他答案所述重写历史。

git子树命令是git contrib的一部分，一些数据包管理器默认安装它（OS X Homebrew）。但除了git之外，您可能还需要自己安装它。

如果两个存储库都有相同类型的文件（就像两个Rails存储库用于不同的项目），您可以将辅助存储库的数据提取到当前存储库中：

git fetch git://repository.url/repo.git master:branch_name

然后将其合并到当前存储库：

git merge --allow-unrelated-histories branch_name

如果您的Git版本小于2.9，请删除--允许不相关的历史记录。

在此之后，可能会发生冲突。例如，可以使用gitmergetool来解析它们。kdiff3只能与键盘一起使用，因此在读取代码时仅需几分钟，就会产生5个冲突文件。

记住完成合并：

git commit

如果您想将来自存储库B分支的文件放在存储库a的子树中，并保留历史记录，请继续阅读。（在下面的示例中，我假设我们希望回购协议B的主分支合并为回购协议A的主分支。）

在回购协议A中，首先执行以下操作以使回购协议B可用：

git remote add B ../B # Add repo B as a new remote.
git fetch B

现在我们在回购a中创建了一个全新的分支（只有一个提交），我们称之为new_b_root。生成的提交将包含在repo B的主分支的第一次提交中提交的文件，但这些文件放在名为path/to/B-files/的子目录中。

git checkout --orphan new_b_root master
git rm -rf . # Remove all files.
git cherry-pick -n `git rev-list --max-parents=0 B/master`
mkdir -p path/to/b-files
git mv README path/to/b-files/
git commit --date="$(git log --format='%ai' $(git rev-list --max-parents=0 B/master))"

解释：checkout命令的--孤儿选项从A的主分支检出文件，但不创建任何提交。我们可以选择任何提交，因为接下来我们无论如何都要清除所有文件。然后，在尚未提交（-n）的情况下，我们从B的主分支中选择第一个提交。（cherry pick保留了原始的提交消息，而直接签出似乎无法做到这一点。）然后我们创建一个子树，将所有来自repo B的文件放在那里。然后我们必须将cherry stick中引入的所有文件移动到子树中。在上面的示例中，只有一个README文件可以移动。然后我们提交B-repo根提交，同时，我们还保留原始提交的时间戳。

现在，我们将在新创建的new_B_root上创建一个新的B/master分支。我们称新分支为b：

git checkout -b b B/master
git rebase -s recursive -Xsubtree=path/to/b-files/ new_b_root

现在，我们将b分支合并为A/master：

git checkout master
git merge --allow-unrelated-histories --no-commit b
git commit -m 'Merge repo B into repo A.'

最后，您可以删除B个远程和临时分支：

git remote remove B
git branch -D new_b_root b

最终图形的结构如下：

我在使用merge时不断丢失历史记录，所以我最终使用了rebase，因为在我的情况下，两个存储库的不同程度足以避免每次提交时合并：

git clone git@gitorious/projA.git projA
git clone git@gitorious/projB.git projB

cd projB
git remote add projA ../projA/
git fetch projA 
git rebase projA/master HEAD

=>解决冲突，然后根据需要继续。。。

git rebase --continue

这样做会导致一个项目具有来自projA的所有提交，然后是来自projB的提交

几天来我一直在尝试做同样的事情，我使用的是git2.7.2。子树不会保留历史。

如果不再使用旧项目，可以使用此方法。

我建议你先在B分支机构工作，然后在该分支机构工作。

以下是没有分支的步骤：

cd B

# You are going to merge A into B, so first move all of B's files into a sub dir
mkdir B

# Move all files to B, till there is nothing in the dir but .git and B
git mv <files> B

git add .

git commit -m "Moving content of project B in preparation for merge from A"


# Now merge A into B
git remote add -f A <A repo url>

git merge A/<branch>

mkdir A

# move all the files into subdir A, excluding .git
git mv <files> A

git commit -m "Moved A into subdir"


# Move B's files back to root    
git mv B/* ./

rm -rf B

git commit -m "Reset B to original state"

git push

如果您现在在分区A中记录任何文件，您将获得完整的历史记录

git log --follow A/<file>

这是帮助我做到这一点的帖子：

http://saintgimp.org/2013/01/22/merging-two-git-repositories-into-one-repository-without-losing-file-history/