从安全角度来看，我倾向于存储过程（MySQL从5.0开始就支持存储过程），其优点是-

大多数数据库（包括MySQL）允许将用户访问限制为执行存储过程。细粒度安全访问控制有助于防止特权攻击升级。这防止了受损的应用程序能够直接针对数据库运行SQL。它们从应用程序中提取原始SQL查询，因此应用程序可以获得的数据库结构信息较少。这使得人们更难理解数据库的底层结构并设计合适的攻击。它们只接受参数，因此参数化查询的优势就在这里。当然，IMO仍然需要清理输入，尤其是在存储过程中使用动态SQL时。

缺点是-

它们（存储过程）很难维护，而且往往会很快繁殖。这使得管理它们成为一个问题。它们不太适合动态查询——若构建它们是为了接受动态代码作为参数，那个么许多优点就被否定了。

我几年前就写过这个小函数：

function sqlvprintf($query, $args)
{
    global $DB_LINK;
    $ctr = 0;
    ensureConnection(); // Connect to database if not connected already.
    $values = array();
    foreach ($args as $value)
    {
        if (is_string($value))
        {
            $value = "'" . mysqli_real_escape_string($DB_LINK, $value) . "'";
        }
        else if (is_null($value))
        {
            $value = 'NULL';
        }
        else if (!is_int($value) && !is_float($value))
        {
            die('Only numeric, string, array and NULL arguments allowed in a query. Argument '.($ctr+1).' is not a basic type, it\'s type is '. gettype($value). '.');
        }
        $values[] = $value;
        $ctr++;
    }
    $query = preg_replace_callback(
        '/{(\\d+)}/', 
        function($match) use ($values)
        {
            if (isset($values[$match[1]]))
            {
                return $values[$match[1]];
            }
            else
            {
                return $match[0];
            }
        },
        $query
    );
    return $query;
}

function runEscapedQuery($preparedQuery /*, ...*/)
{
    $params = array_slice(func_get_args(), 1);
    $results = runQuery(sqlvprintf($preparedQuery, $params)); // Run query and fetch results.   
    return $results;
}

这允许在一行C#字符串中运行语句。格式如下：

runEscapedQuery("INSERT INTO Whatever (id, foo, bar) VALUES ({0}, {1}, {2})", $numericVar, $stringVar1, $stringVar2);

考虑到变量类型，它会逃逸。若您试图参数化表、列名称，它将失败，因为它将每个字符串放在引号中，这是无效语法。

安全更新：以前的str_replace版本允许通过向用户数据中添加｛#｝标记进行注入。如果替换包含这些令牌，则preg_replace_callback版本不会导致问题。

一个简单的方法是使用像CodeIgniter或Laravel这样的PHP框架，它具有内置的过滤和活动记录等功能，因此您不必担心这些细微差别。

如果可能，请转换参数的类型。但它只适用于像int、bool和float这样的简单类型。

$unsafe_variable = $_POST['user_id'];

$safe_variable = (int)$unsafe_variable ;

mysqli_query($conn, "INSERT INTO table (column) VALUES ('" . $safe_variable . "')");

我建议使用PDO（PHP数据对象）运行参数化SQL查询。

这不仅可以防止SQL注入，还可以加快查询速度。

而且，通过使用PDO而不是mysql_、mysqli_和pgsql_函数，可以使应用程序从数据库中抽象出一点，这是很少需要切换数据库提供程序的情况。

我认为，在PHP应用程序（或任何web应用程序）中防止SQL注入的最佳方法是考虑应用程序的架构。如果防止SQL注入的唯一方法是记住使用一个特殊的方法或函数，它在每次与数据库对话时都会做正确的事情，那么这是错误的。这样，在代码的某个时刻忘记正确格式化查询只是时间问题。

采用MVC模式和CakePHP或CodeIgniter这样的框架可能是正确的方法：创建安全数据库查询等常见任务已在这些框架中得到解决并集中实现。它们可以帮助您以合理的方式组织web应用程序，并让您更多地考虑加载和保存对象，而不是安全地构造单个SQL查询。