我在运行一个存储过程时遇到了这个问题——它正在数据库中的一个表中创建大量的行。 在超过30秒后，我就看到了这个错误。

我尝试了其他答案中的所有建议。我确信其中有一些帮助，然而，真正让我有用的是从Workbench切换到SequelPro。

我猜这是我在Workbench中没有发现的某个客户端连接。 也许这也能帮助到其他人?

在/etc/mysql/cnf文件中增加如下内容:

innodb_buffer_pool_size = 64M

例子:

key_buffer              = 16M
max_allowed_packet      = 16M
thread_stack            = 192K
thread_cache_size       = 8
innodb_buffer_pool_size = 64M

只需执行一次MySQL升级，将重新构建innoDB引擎，并重新构建MySQL正常运行所需的许多表，如performance_schema, information_schema等。

从你的shell中发出下面的命令:

sudo mysql_upgrade -u root -p

使用命令行选项net_read_timeout / wait_timeout和一个合适的值(以秒为单位)启动DB服务器，例如:——net_read_timeout=100。

参考资料见这里和这里。

这通常意味着你有“与当前版本的MySQL服务器不兼容”，参见mysql_upgrade。我也遇到了同样的问题，我不得不跑掉:

mysql_upgrade——密码 文档声明，“mysql_upgrade应该在每次升级MySQL时执行”。

请尝试取消在编辑→首选项→SQL查询中的限制行

因为你应该在mysql配置文件中设置'interactive_timeout'和'wait_timeout'属性为你需要的值。