只需执行一次MySQL升级，将重新构建innoDB引擎，并重新构建MySQL正常运行所需的许多表，如performance_schema, information_schema等。

从你的shell中发出下面的命令:

sudo mysql_upgrade -u root -p

我在运行一个存储过程时遇到了这个问题——它正在数据库中的一个表中创建大量的行。 在超过30秒后，我就看到了这个错误。

我尝试了其他答案中的所有建议。我确信其中有一些帮助，然而，真正让我有用的是从Workbench切换到SequelPro。

我猜这是我在Workbench中没有发现的某个客户端连接。 也许这也能帮助到其他人?

进入工作台编辑→首选项→SQL编辑器→DBMS连接读取超时时间:高达3000。 错误不再发生。

检查有关

OOM on /var/log/messages ,
modify innodb_buffer_pool_size value ; when load data , use 50% of os mem ; 

希望这能有所帮助

对我来说，以上都没用。然后我尝试停止mysql服务，并再次启动它，神奇地查询开始运行:D。

$ sudo service mysql stop
$ sudo service mysql start

希望这能有所帮助

只需执行一次MySQL升级，将重新构建innoDB引擎，并重新构建MySQL正常运行所需的许多表，如performance_schema, information_schema等。

从你的shell中发出下面的命令:

sudo mysql_upgrade -u root -p