通过编译@Robse和@DanH的答案，我得到了以下完全让我满意的解决方案:

db.getCollectionNames().forEach( function(collection_name) { 
  if (collection_name.indexOf("system.") == -1) 
       db[collection_name].drop();
  else  
       db[collection_name].remove({});
});

它通过删除用户集合和清空系统集合来清理数据库。

在蒙戈壳里:

use [database];
db.dropDatabase();

并删除用户:

db.dropAllUsers();

同样，在命令行中:

mongo DATABASE_NAME --eval "db.dropDatabase();"

如果你需要立即删除所有数据库:(立即删除所有数据库)

mongo --quiet --eval 'db.getMongo().getDBNames().forEach(function(i){db.getSiblingDB(i).dropDatabase()})'

use <dbname>
db.dropAllUsers()
db.dropAllRoles()
db.dropDatabase()

MongoDB db.dropDatabase()文档解释了2.6中引入的修改:

在2.6版更改:此命令不会删除与当前数据库关联的用户。

当我需要重置所有集合但又不想失去任何数据库用户时，我遇到了同样的问题。如果您想保存数据库的用户配置，请使用以下代码行:

use <whichever database>
db.getCollectionNames().forEach(function(c) { if (c.indexOf("system.") == -1) db[c].drop(); })

这段代码将遍历一个数据库中的所有集合名称，并删除不以“system.”开头的集合名称。