我有一个指向无效提交的子模块的项目:子模块提交仍然是本地的，当我试图从另一个repo获取它时，我得到:
$ git submodule update
fatal: reference is not a tree: 2d7cfbd09fc96c04c4c41148d44ed7778add6b43
Unable to checkout '2d7cfbd09fc96c04c4c41148d44ed7778add6b43' in submodule path 'mysubmodule'
我知道子模块HEAD应该是什么，有没有办法我可以在本地改变这个，而不从已经提交2d7cfbd09fc96c04c4c41148d44ed7778add6b43的回购?
我不确定我是否说清楚了…我发现了一个类似的情况。
当前回答
这个答案适用于终端git经验有限的SourceTree用户。
从Git项目(超级项目)中打开有问题的子模块。
获取并确保“获取所有标签”被选中。
重新建立你的Git项目。
这将解决“参考不是树”的问题十有八九。第一次不会，这是一个最终的解决方案，正如上面的答案所描述的那样。
其他回答
只是偶然发现了这个问题，这些解决方案都不适合我。我的问题的解决方案实际上要简单得多:升级Git。我的版本是1.7.1，在我升级到2.16.1(最新版本)后，这个问题就消失得无影无踪了!我就把它留在这里了，希望能帮到别人。
为了确保安全，请尝试更新git二进制文件。
GitHub for Windows的版本为git version 1.8.4.msysgit。对我来说，这就是问题所在。更新解决了这个问题。
当你有一个子模块指向一个重新基于的存储库，并且给定的提交“消失”时，也可能发生这种情况。虽然提交可能仍然在远程存储库中，但它不在分支中。如果你不能创建一个新的分支(例如，不是你的存储库)，你就不得不更新超级项目来指向一个新的提交。或者，您可以将子模块的一个副本推到其他地方，然后更新超级项目以指向该存储库。
这个答案适用于终端git经验有限的SourceTree用户。
从Git项目(超级项目)中打开有问题的子模块。
获取并确保“获取所有标签”被选中。
重新建立你的Git项目。
这将解决“参考不是树”的问题十有八九。第一次不会，这是一个最终的解决方案，正如上面的答案所描述的那样。
此错误可能意味着子模块中缺少提交。也就是说，存储库(A)有一个子模块(B)。A想要加载B，以便它指向某个提交(在B中)。如果该提交以某种方式丢失了，你会得到这个错误。一个可能的原因:提交的引用被推入了A，但实际的提交并没有从b推入，所以我从那里开始。
不太可能的情况是，存在权限问题，无法提交(如果使用git+ssh，可能会出现这种情况)。
确保子模块在.git/config和.gitmodules中的路径看起来正常。
最后要尝试的一件事-在子模块目录:git reset HEAD -hard
