只是偶然发现了这个问题，这些解决方案都不适合我。我的问题的解决方案实际上要简单得多:升级Git。我的版本是1.7.1，在我升级到2.16.1(最新版本)后，这个问题就消失得无影无踪了!我就把它留在这里了，希望能帮到别人。

为了同步git repo与子模块的头部，如果这是你真正想要的，我发现删除子模块，然后读取它可以避免修补历史。不幸的是，删除子模块需要黑客攻击，而不是一个git命令，但这是可行的。

我所遵循的步骤是删除子模块，灵感来自https://gist.github.com/kyleturner/1563153:

运行git rm——cached 从.gitmodules文件中删除相关行。 从.git/config中删除相关的部分。 删除现在未跟踪的子模块文件。 删除目录。git/modules/

同样，如果您只想再次指向子模块的头部，并且不需要保持子模块的本地副本而使事情变得复杂，那么这可能很有用。它假设您拥有子模块“正确”作为它自己的repo，无论它的起源在哪里，您只是想返回到适当地将它作为子模块包含。

注意:在进行这些操作或任何git命令之前，除了简单的提交或推送之外，一定要对项目进行完整的复制。我建议所有其他的答案，以及作为一个通用的git指南。

可能的原因

这可能发生在以下情况:

子模块已编辑到位 提交子模块，更新所指向的子模块的散列 没有推送子模块。

例如:发生了这样的事情:

$ cd submodule
$ emacs my_source_file  # edit some file(s)
$ git commit -am "Making some changes but will forget to push!"

此时应该已经推送了子模块。

$ cd .. # back to parent repository
$ git commit -am "updates to parent repository"
$ git push origin master

因此，远程用户不可能找到丢失的提交，因为它们仍然在本地磁盘上。

解决方案

通知修改子模块以推送的人，即。

$ cd submodule
$ git push

无论如何，子模块的历史记录都安全地保存在子模块git中。

那么，为什么不直接删除子模块并重新添加它呢?

否则，您是否尝试手动编辑。git子模块中的HEAD或refs/master/ HEAD

当我这样做时，我得到了这个错误:

$ git submodule update --init --depth 1

但是父项目中的提交指向了之前的提交。

删除子模块文件夹并运行:

$ git submodule update --init

并没有解决问题。我删除了回购，并再次尝试没有深度标志，它工作了。

此错误发生在Ubuntu 16.04 git 2.7.4中，但不会发生在Ubuntu 18.04 git 2.17中。

@pavan kumar在评论中写道:

我只是增加了深度计数以包括旧的提交，它起作用了。

假设子模块的存储库确实包含您想要使用的提交(与从超级项目的当前状态引用的提交不同)，有两种方法可以做到这一点。

第一种方法要求您已经知道要使用的子模块的提交。它通过直接调整子模块，然后更新超级项目，从“内向外”工作。第二种方法从“由外而内”的方式工作，找到修改子模块的超级项目提交，然后重置超级项目的索引以引用不同的子模块提交。

内,

如果你已经知道你想让子模块使用哪个提交，cd到子模块，检查你想要的提交，然后git添加和git在超级项目中提交它。

例子:

$ git submodule update
fatal: reference is not a tree: e47c0a16d5909d8cb3db47c81896b8b885ae1556
Unable to checkout 'e47c0a16d5909d8cb3db47c81896b8b885ae1556' in submodule path 'sub'

哎呀，有人做了一个超级项目提交，引用子模块sub中未发布的提交。不知怎么的，我们已经知道我们想让子模块在提交5d5a3ee314476701a20f2c6ec4a53f88d651df6c。直接去那里看看。

子模块中的签出

$ cd sub
$ git checkout 5d5a3ee314476701a20f2c6ec4a53f88d651df6c
Note: moving to '5d5a3ee314476701a20f2c6ec4a53f88d651df6c' which isn't a local branch
If you want to create a new branch from this checkout, you may do so
(now or later) by using -b with the checkout command again. Example:
  git checkout -b <new_branch_name>
HEAD is now at 5d5a3ee... quux
$ cd ..

由于我们正在签出一个提交，这将在子模块中产生一个分离的HEAD。如果你想确保子模块正在使用分支，那么使用git checkout -b newbranch <commit>来创建并在提交时签出一个分支，或者签出你想要的分支(例如，在提示处有想要的提交)。

更新超级项目

子模块中的签出反映在超级项目中，作为对工作树的更改。因此，我们需要对超级项目的索引进行更改，并验证结果。

$ git add sub

检查结果

$ git submodule update
$ git diff
$ git diff --cached
diff --git c/sub i/sub
index e47c0a1..5d5a3ee 160000
--- c/sub
+++ i/sub
@@ -1 +1 @@
-Subproject commit e47c0a16d5909d8cb3db47c81896b8b885ae1556
+Subproject commit 5d5a3ee314476701a20f2c6ec4a53f88d651df6c

子模块更新是静默的，因为子模块已经处于指定的提交状态。第一个差异表明索引和工作树是相同的。第三个差异表明，唯一的阶段性变化是将子子模块移动到不同的提交。

提交

git commit

这将提交已修复的子模块条目。

---

外,在

如果您不确定应该从子模块中使用哪个提交，您可以查看超级项目中的历史记录来指导您。您还可以直接从超级项目管理重置。

$ git submodule update
fatal: reference is not a tree: e47c0a16d5909d8cb3db47c81896b8b885ae1556
Unable to checkout 'e47c0a16d5909d8cb3db47c81896b8b885ae1556' in submodule path 'sub'

这与上面的情况相同。但这一次，我们将专注于从超级项目中修复它，而不是将其浸入子模块中。

找到超级项目的错误提交

$ git log --oneline -p -- sub
ce5d37c local change in sub
diff --git a/sub b/sub
index 5d5a3ee..e47c0a1 160000
--- a/sub
+++ b/sub
@@ -1 +1 @@
-Subproject commit 5d5a3ee314476701a20f2c6ec4a53f88d651df6c
+Subproject commit e47c0a16d5909d8cb3db47c81896b8b885ae1556
bca4663 added sub
diff --git a/sub b/sub
new file mode 160000
index 0000000..5d5a3ee
--- /dev/null
+++ b/sub
@@ -0,0 +1 @@
+Subproject commit 5d5a3ee314476701a20f2c6ec4a53f88d651df6c

好的，看起来它在ce5d37c中坏了，所以我们将从它的父模块(ce5d37c~)恢复子模块。

或者，您可以从补丁文本(5d5a3ee314476701a20f2c6ec4a53f88d651df6c)中获取子模块的提交，并使用上面的“内外”过程。

签入超级项目

$ git checkout ce5d37c~ -- sub

这会将sub的子模块条目重置为在超级项目中提交ce5d37c~时的状态。

更新子模块

$ git submodule update
Submodule path 'sub': checked out '5d5a3ee314476701a20f2c6ec4a53f88d651df6c'

子模块更新OK(它表示一个分离的HEAD)。

检查结果

$ git diff ce5d37c~ -- sub
$ git diff
$ git diff --cached
diff --git c/sub i/sub
index e47c0a1..5d5a3ee 160000
--- c/sub
+++ i/sub
@@ -1 +1 @@
-Subproject commit e47c0a16d5909d8cb3db47c81896b8b885ae1556
+Subproject commit 5d5a3ee314476701a20f2c6ec4a53f88d651df6c

第一个差异表明子现在在ce5d37c~中是相同的。第二个差异表明索引和工作树是相同的。第三个差异显示唯一的阶段性变化是将子子模块移动到不同的提交。

提交

git commit

这将提交已修复的子模块条目。