我也有这个问题。 它与.idea有关，只需删除它并重新启动IntelliJ

我是IntelliJ IDEA 2016.2的新用户。当我第一次运行该程序时，我打开了一个现有的项目，并且有相同的问题，其中它只显示根目录中的文件在1。项目面板，而不是项目文件夹(可展开的树状结构)。

最初，我尝试去项目设置>模块，那里没有显示列出的模块。我点击(+)，并试图选择我的根文件夹，但它不会选择文件夹。

所以我用以下步骤来解决这个问题:

Exit IntelliJ Delete the existing .idea folder (i.e. rm -rf .idea) Restart IntelliJ Verified that the project root folder now appeared (in Project Settings > Modules) Toggle On the toolbar buttons (i.e. 1. Project Structure) to display on the left sidebar (clicked View > Toolbar Buttons until tick appears) Click 1. Project Structure toolbar button until its sidebar is revealed Click the arrow icon on the left of your project's root directory name that appears to expand the tree folder structure

2017年9月2日更新:如果你已经添加了一个模块SDK，并且它在你的项目根目录的子目录中添加了一个。iml文件，这导致它加载模块子目录，那么你可能需要修改这个。iml文件，通过追加/..如下图所示。

  <component name="NewModuleRootManager" inherit-compiler-output="true">
    <exclude-output />
    <content url="file://$MODULE_DIR$/..">

将“Project”下拉菜单改为“Project Files”

我知道这并没有回答涉及Maven模块的OPs问题，但这是截至2021年7月谷歌上的第一个搜索结果，当时试图调试为什么文件夹在IntelliJ中不能正确显示

选择模块设置并进行这些更改，它将工作

在文件>项目结构>模块中，点击“+”按钮，

根据你的项目添加新的模块，比如Java或RUBY之类的 然后应用，ok

项目结构=>模块=>选择你的模块=>路径=>确保选择了“继承项目编译输出路径”

我已经删除了。idea文件夹。关闭ItelliJ并重新启动以打开相同的项目。

它要求添加内容根。这对我很管用。