您可以在命令行中使用mysqlcheck来完成此操作。

一个数据库:

mysqlcheck -o <db_schema_name>

所有数据库:

mysqlcheck -o --all-databases

MySQL管理员(MySQL GUI工具的一部分)可以在数据库级别为你做这些。

只需选择您的模式并按下右下角的Maintenance按钮。

由于GUI工具已经达到了生命结束的状态，他们很难在mysql页面上找到。通过谷歌:http://dev.mysql.com/downloads/gui-tools/5.0.html找到他们

我不知道新的MySQL Workbench是否也能做到这一点。

您可以使用mysqlcheck命令行工具，它也应该能够做到这一点。

我的1美分，添加和TABLE_TYPE='BASE TABLE'，所以我们可以跳过'VIEW'类型。

for table in `mysql -sss -e "select concat(table_schema,'.',table_name) from information_schema.tables where table_schema not in ('mysql','information_schema','performance_schema') and TABLE_TYPE='BASE TABLE' order by data_free desc;"`
do
mysql -e "OPTIMIZE TABLE $table;"
done

下面的示例php脚本可以帮助您优化数据库中的所有表

<?php

dbConnect();

$alltables = mysql_query("SHOW TABLES");

while ($table = mysql_fetch_assoc($alltables))
{
   foreach ($table as $db => $tablename)
   {
       mysql_query("OPTIMIZE TABLE '".$tablename."'")
       or die(mysql_error());

   }
}

?>

我的建议是:从碎片率最高的表开始

for table in `mysql -sss -e "select concat(table_schema,".",table_name) from information_schema.tables where table_schema not in ('mysql','information_schema','performance_schema') order by data_free desc;"
do
mysql -e "OPTIMIZE TABLE $table;"
done

如果你是直接访问数据库，那么你可以写以下查询:

OPTIMIZE TABLE table1,table2,table3,table4......;