虽然这个问题是关于GitHub风格的Markdown，但我认为值得一提的是，截至2013年，GitHub支持内置该功能的AsciiDoc。你只需要用.adoc扩展名重命名你的文件，并使用:

A statement.footnote:[Clarification about this statement.]

A bold statement!footnote:disclaimer[Opinions are my own.]

Another bold statement.footnote:disclaimer[]

文档和最终结果在这里。

虽然我不知道它是否在任何地方被正式记录，但你可以在Github中做脚注。

在想要插入页脚链接的地方用方括号括起来的数字标记出来，即[1] 在文章的底部，引用编号标记，后跟冒号和链接，即[1]:http://www.example.com/link1

一旦你预览它，它将呈现为编号的链接在文章的主体。

我用了马特奥解决方案的一个变种。我在一个Jekyll驱动的网站上使用github风味markdown (gfm)编写的Rmd文件中使用这一点，但相同的Rmd文件被用于在各种上下文中生成pdf。Rmd文件包含大量的数学运算，并且在网站上使用MathJax显示这些数学运算。所以我需要一个解决方案，通过Jekyll处理的gfm，与pandoc->pdflatex一起工作，并与MathJax兼容。

Rmd文件片段(即gfm)

Here is a paragraph with an footnote <span id="a1">[[1]](#f1)</span>.

Footnotes
=========

1. <span id="f1"></span> This is a footnote. [$\hookleftarrow$](#a1)

$\hookleftarrow$是latex，它适用于我，因为我总是启用MathJax。我用它来确保它在我的pdf文件中正确显示。我把脚注放在方括号里，因为如果我把脚注放在一些内联数学上，上标会让人困惑。

这里是它的行动:https://eeholmes.github.io/posts/2016-5-18-FI-recursion-1/

这些笔记可以放在Rmd的任何地方。我在最后放了一个列表，所以它们在技术上是尾注。

在前面的答案上稍微扩展一下，你也可以在这里设置脚注链接。首先像这样定义底部的脚注

<a name="myfootnote1">1</a>: Footnote content goes here

然后像这样在文档的其他地方引用它

<sup>[1](#myfootnote1)</sup>

我无法让Surya和Matteo的解决方案奏效。例如，“(#f1)”只是作为文本显示，而没有成为链接。然而，他们的解决方案使我得到了略有不同的解决方案。(我对脚注和回到原始上标的链接的格式也略有不同。)

在正文中:

Yadda yadda<a href="#note1" id="note1ref"><sup>1</sup></a>

在文件的最后:

<a id="note1" href="#note1ref"><sup>1</sup></a>Here is the footnote text.

单击脚注中的上标将返回原始文本中的上标。

以下是伊莱·霍姆斯(Eli Holmes)回答的一个变种，对我来说很有效，不用乳胶:

Text<span id="a1">[¹](#1)</span>

<span id="1">¹</span> Footnote.[⏎](#a1)<br>

例子