虽然这个问题是关于GitHub风格的Markdown，但我认为值得一提的是，截至2013年，GitHub支持内置该功能的AsciiDoc。你只需要用.adoc扩展名重命名你的文件，并使用:

A statement.footnote:[Clarification about this statement.]

A bold statement!footnote:disclaimer[Opinions are my own.]

Another bold statement.footnote:disclaimer[]

文档和最终结果在这里。

GitHub flavour Markdown不支持脚注，但你可以手动使用Unicode字符或上标标记来伪造脚注，例如¹。

¹当然这并不理想，因为你现在要负责维护脚注的编号。不过，如果你只有一个或两个，它工作得相当好。

对于简短的注释，提供带有标题属性的锚元素会创建一个“工具提示”。

<a title="Note text goes here."><sup>n</sup></a>

否则，对于更复杂的注释，最好的方法似乎是手动维护命名链接。

2021年9月:脚注在这里!

(2021年12月，如下所述，维基README。Md还不支持脚注)

“Markdown字段现在支持脚注” 脚注可以让你引用相关信息，而不会打断你想说的内容: 这里有一个简单的脚注[^1]。后面还有一些额外的文字。 [^1]:我的参考。 您现在可以在任何Markdown字段中使用脚注语法! 脚注显示为上标链接。单击它们可以跳转到它们的引用信息，显示在文档底部的新部分:

Cf。文档。

以下是伊莱·霍姆斯(Eli Holmes)回答的一个变种，对我来说很有效，不用乳胶:

Text<span id="a1">[¹](#1)</span>

<span id="1">¹</span> Footnote.[⏎](#a1)<br>

例子

在前面的答案上稍微扩展一下，你也可以在这里设置脚注链接。首先像这样定义底部的脚注

<a name="myfootnote1">1</a>: Footnote content goes here

然后像这样在文档的其他地方引用它

<sup>[1](#myfootnote1)</sup>