我也遇到了同样的错误，每次我盯着Android Studio时都会看到警报，这真是太烦人了。我尝试了上面提到的解决方案，包括无效缓存，重新启动等，没有什么让它消失。

在我的例子中，我们从源代码中删除了一个模块，引用也从settings.gradle中删除了。结果，.idea/modules.xml仍然引用该模块。

我所需要做的就是从。idea/modules.xml中的<modules>中删除这一行，它使它全部消失。

首先，你应该更新到Android Studio 1.2 来源:https://code.google.com/p/android/issues/detail?id=77983

然后你应该去文件->无效缓存/重新启动->无效缓存&重新启动。

然后再次尝试构建应用程序。

如果它有助于File ->使缓存无效/重新启动，请尝试此操作。

如果仍然没有帮助，点击图片中的按钮。 同步项目与Gradle文件

如果上面没有帮助你-检查你的模块。iml文件，看看它是否包含任何错误。(对于app模块，它将是app.iml)。

我解决了一个类似的问题，关闭项目，然后重新导入项目(不是打开，而是作为eclipse或其他项目重新导入)

你可以更新Android studio的新版本，然后去invalidate渔获/重新启动。单击同步按钮构建应用程序。