对于OP试图实现的特定查询，理想且最有效的方法是根本不使用子查询。

以下是OP的两个查询的LEFT JOIN版本：

SELECT s.* 
FROM story_category s 
LEFT JOIN category c 
ON c.id=s.category_id 
WHERE c.id IS NULL;

注意：DELETE s将删除操作限制在story_category表中。文档

DELETE s 
FROM story_category s 
LEFT JOIN category c 
ON c.id=s.category_id 
WHERE c.id IS NULL;

更新：此答案涵盖了一般错误分类。有关如何最好地处理OP的确切查询的更具体的答案，请参阅此问题的其他答案

在MySQL中，不能修改SELECT部分中使用的表。该行为记录在：http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/update.html

也许你可以把这张桌子连在一起

如果逻辑足够简单，可以重新构造查询，请丢失子查询并使用适当的选择条件将表连接到自身。这将导致MySQL将表视为两种不同的东西，从而允许进行破坏性的更改。

UPDATE tbl AS a
INNER JOIN tbl AS b ON ....
SET a.col = b.col

或者，尝试将子查询嵌套到from子句的更深处。。。

如果您确实需要子查询，有一个解决方法，但它是丑陋的原因有很多，包括性能：

UPDATE tbl SET col = (
  SELECT ... FROM (SELECT.... FROM) AS x);

FROM子句中的嵌套子查询创建一个隐式临时表，因此它不算作您正在更新的同一个表。

…但要注意查询优化器

但是，请注意，从MySQL 5.7.6及以后，优化器可能会优化子查询，但仍然会给您错误。幸运的是，optimizer_switch变量可以用来关闭这种行为；尽管我不建议将此作为短期修复或一次性小任务。

SET optimizer_switch = 'derived_merge=off';

感谢Peter V.Mørch在评论中提出的建议。

示例技术来自于最初发表于Nabble的巴伦·施瓦茨（Baron Schwartz），此处对其进行了解释和扩展。

如果从前门进来时有些东西不起作用，那么从后门走：

drop table if exists apples;
create table if not exists apples(variety char(10) primary key, price int);

insert into apples values('fuji', 5), ('gala', 6);

drop table if exists apples_new;
create table if not exists apples_new like apples;
insert into apples_new select * from apples;

update apples_new
    set price = (select price from apples where variety = 'gala')
    where variety = 'fuji';
rename table apples to apples_orig;
rename table apples_new to apples;
drop table apples_orig;

速度很快。数据越大越好。

尝试将Select语句的结果保存在单独的变量中，然后将其用于删除查询。

就问题而言，您希望删除story_category中不存在于类别中的行。

以下是用于标识要删除的行的原始查询：

SELECT * 
FROM  story_category 
WHERE category_id NOT IN (
    SELECT DISTINCT category.id 
    FROM category INNER JOIN 
       story_category ON category_id=category.id
);

将NOT IN与JOIN原始表的子查询组合在一起似乎不太复杂。这可以用不存在和相关子查询以更直接的方式表示：

select sc.*
from story_category sc
where not exists (select 1 from category c where c.id = sc.category_id);

现在很容易将其转换为delete语句：

delete from story_category
where not exists (select 1 from category c where c.id = story_category.category_id);    

这个quer可以在任何MySQL版本上运行，也可以在我知道的大多数其他数据库中运行。

DB Fiddle演示：

-- set-up
create table story_category(category_id int);
create table category (id int);
insert into story_category values (1), (2), (3), (4), (5);
insert into category values (4), (5), (6), (7);

-- your original query to identify offending rows
SELECT * 
FROM  story_category 
WHERE category_id NOT IN (
    SELECT DISTINCT category.id 
    FROM category INNER JOIN 
       story_category ON category_id=category.id);

| category_id |
| ----------: |
|           1 |
|           2 |
|           3 |

-- a functionally-equivalent, simpler query for this
select sc.*
from story_category sc
where not exists (select 1 from category c where c.id = sc.category_id)

| category_id |
| ----------: |
|           1 |
|           2 |
|           3 |

-- the delete query
delete from story_category
where not exists (select 1 from category c where c.id = story_category.category_id);

-- outcome
select * from story_category;

| category_id |
| ----------: |
|           4 |
|           5 |

试试这个

DELETE FROM story_category 
WHERE category_id NOT IN (
SELECT DISTINCT category.id 
FROM (SELECT * FROM STORY_CATEGORY) sc;