我发现的另一个解决方案是不使用转换，而只是有一个单独的配置文件，例如app.Release.config。然后将这一行添加到csproj文件中。

  <PropertyGroup Condition=" '$(Configuration)|$(Platform)' == 'Release|x86' ">
    <AppConfig>App.Release.config</AppConfig>
  </PropertyGroup>

这不仅会生成正确的myprogram.exe.config文件，而且如果你在Visual Studio中使用安装和部署项目来生成MSI，它会强制部署项目在打包时使用正确的配置文件。

在Visual Studio中从市场安装“配置转换工具”并重新启动VS.你也可以看到app.config的菜单预览转换。

https://marketplace.visualstudio.com/items?itemName=GolanAvraham.ConfigurationTransform

注意:由于声誉，我不能评论bdeem的帖子。我将把我的发现作为答案发表出来。

根据bdeem的帖子，我做了以下(按顺序):

1. 我修改了[项目]。csproj文件。为不同的配置文件添加<Content Include="" />标签到ItemGroup，并使它们依赖于原始配置文件。

注意:使用<None Include="" />对转换无效。

<!-- App.config Settings -->
<!-- Create App.($Configuration).config files here. -->
<Content Include="App.config" />
<Content Include="App.Debug.config">
  <DependentUpon>App.config</DependentUpon>
</Content>
<Content Include="App.Release.config">
  <DependentUpon>App.config</DependentUpon>
</Content>

2. 在[项目]的底部。csproj文件(在关闭</Project>标记之前)，我导入了${MSBuildToolsPath\Microsoft.CSharp。添加UsingTask来转换XML，并添加Target来将转换后的App.config文件复制到输出位置。

注意:Target还将覆盖本地目录中的App.Config，以查看本地工作的即时更改。Target还使用Name="Afterbuild"属性来确保在生成可执行文件之后可以转换配置文件。出于我不理解的原因，当使用WCF端点时，如果我使用Name="CoreCompile"，我会得到关于服务属性的警告。Name="Afterbuild"解决了这个问题。

  <!-- Task to transform the App.config using the App.($Configuration).config file. -->
  <UsingTask TaskName="TransformXml" AssemblyFile="$(MSBuildExtensionsPath)\Microsoft\VisualStudio\v$(VisualStudioVersion)\Web\Microsoft.Web.Publishing.Tasks.dll" />

  <!-- Only compile the App.config if the App.($Configuration).config file exists. -->
  <!-- Make sure to use the AfterBuild name instead of CoreCompile to avoid first time build errors and WCF endpoint errors. -->
  <Target Name="AfterBuild" Condition="exists('App.$(Configuration).config')">
    <!-- Generate transformed App.config in the intermediate output directory -->    
    <TransformXml Source="App.config" Destination="$(IntermediateOutputPath)$(TargetFileName).config" Transform="App.$(Configuration).config" />
    
    <!-- Modify the original App.config file with the transformed version. -->
    <TransformXml Source="App.config" Destination="App.config" Transform="App.$(Configuration).config" />

    <!-- Force build process to use the transformed configuration file from now on. -->
    <ItemGroup>
      <AppConfigWithTargetPath Remove="App.config" />
      <AppConfigWithTargetPath Include="$(IntermediateOutputPath)$(TargetFileName).config">
        <TargetPath>$(TargetFileName).config</TargetPath>
      </AppConfigWithTargetPath>
    </ItemGroup>
  </Target>
</Project>

3.回到Visual Studio，重新加载修改过的文件。

4. 手动添加应用。配置文件到项目。这允许它们在原始App.config文件下进行分组。

注:确保App.*.;配置文件具有适当的XML结构。

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>

<!-- For more information on using web.config transformation visit https://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=125889 -->

<configuration xmlns:xdt="http://schemas.microsoft.com/XML-Document-Transform">
  <connectionStrings>
    <add name="myConn" connectionString=""; Initial Catalog=; User ID=; Password=;" xdt:Transform="SetAttributes" xdt:Locator="Match(name)" />
  </connectionStrings>
</configuration>

5. 重建项目。

我创建了Vishal Joshi发布的另一个替代方案，其中将构建动作更改为内容的需求被删除，并实现了对ClickOnce部署的基本支持。我说基本，是因为我没有彻底测试它，但它应该在典型的ClickOnce部署场景中工作。

该解决方案由一个MSBuild项目组成，一旦导入到现有的windows应用程序项目(*.csproj)，将构建过程扩展到考虑app.config转换。

你可以在Visual Studio App.config XML Transformation上阅读更详细的解释，MSBuild项目文件可以从GitHub下载。

你可以为每个配置使用一个单独的配置文件，例如app.Debug。config, app.Release.config，然后在项目文件中使用配置变量:

<PropertyGroup>
    <AppConfig>App.$(Configuration).config</AppConfig>
</PropertyGroup>

这将根据您正在构建的配置创建正确的ProjectName.exe.config文件。

建议的解决方案将不工作时，类库配置文件引用从另一个项目(在我的情况下，它是Azure工作项目库)。它不会将正确转换后的文件从obj文件夹复制到bin\##configuration-name##文件夹。为了使它在最小的变化下工作，你需要将AfterCompile target改为BeforeCompile:

<Target Name="BeforeCompile" Condition="exists('app.$(Configuration).config')">