如果您正在从GitHub web应用程序中删除目录，您将找到一个删除选项。然而，在这之后，它会给你一个被删除的文件列表，底部有提交选项。请记住提交它。否则，目录将不会被删除。

参考-https://docs.github.com/en/repositories/working-with-files/managing-files/deleting-files-in-a-repository

这两个答案的组合对我有用

git rm -r one-of-the-directories
git commit . -m "Remove duplicated directory"
git push

如果仍然显示一些警告，请手动删除文件

git filter-branch --tree-filter 'rm -rf path/to/your/file' HEAD
git push

您可以使用Attlasian源树（Windows）(https://www.atlassian.com/software/sourcetree/overview). 只需从树中选择文件并按下顶部的“删除”按钮。文件将从本地存储库和本地git数据库中删除。然后提交，然后推送。

如果您正在从GitHub web应用程序中删除目录，您将找到一个删除选项。然而，在这之后，它会给你一个被删除的文件列表，底部有提交选项。请记住提交它。否则，目录将不会被删除。

参考-https://docs.github.com/en/repositories/working-with-files/managing-files/deleting-files-in-a-repository

我之前已经提交了该文件夹，并希望删除历史记录中的目录。

我执行了以下操作：

将文件夹添加到.gitignore：

echo Folder_Name/ >> .gitignore

从所有提交中删除：

git filter-branch --index-filter 'git rm -rf --cached --ignore-unmatch Folder_Name/' --prune-empty --tag-name-filter cat -- --all

从旧提交中删除refs：

git for-each-ref --format="%(refname)" refs/original/ | xargs -n 1 git update-ref -d

确保完全删除所有旧引用

rm -Rf .git/logs .git/refs/original

执行垃圾收集

git gc --prune=all --aggressive

将更改推送到在线存储库：

git push

你到此为止。

但您可以通过以下操作将所有更改推送到所有分支：但是要小心这个命令！

git push origin --all --force
git push origin --tags --force

之后，该文件夹从git中删除，但没有从本地磁盘中删除。

如果由于某种原因，karmakaze所说的不起作用，您可以尝试使用或使用文件系统浏览器（例如，在Windows文件资源管理器中）删除您想要的目录。删除目录后，发出命令：git add-A然后gitcommit-m'删除目录'然后git推送原始主机。