Subversion、Git、Mercurial和其他版本支持三方合并(结合我的、他们的和“基础”版本)，并支持图形工具来解决冲突。
你用什么工具?Windows, Mac OS X, Linux，免费或商业，你能想到的。
下面是一些我用过或听说过的，只是为了开始对话:
KDiff3 DiffMerge P4Merge 融合 Beyond Compare Pro。
(我承认这有点像最佳差异工具，但它的不同之处在于我明确地专注于三方合并工具;例如，WinMerge就不在此列。)
当前回答
Araxis合并。它很商业化，但它是如此值得……它适用于Windows和Mac OS X。
其他回答
源齿轮差合并:
跨平台，真正的三方合并，它是完全免费的商业或个人使用。
xxdiff如果你在Linux领域。
我爱Ediff。它内置在GNU Emacs中。
要执行三向差异，请使用ediff-files3(用于选择三个文件)或ediff-buffer3(用于选择三个已经打开的缓冲区)。你会看到一个像这样的屏幕:
注意单词差异突出显示。
你可以按n或p转到下一个/上一个差分，而ab会将区域从缓冲区a(最左边的那个)复制到缓冲区b(中间的那个)，类似地，其他两个字母的组合a, b, c;rb将恢复缓冲区b中的区域。命中?获取快速帮助菜单，或阅读Emacs中diff3合并的精细手册。
KDiff3 开源，跨平台
Linux和Windows相同的界面，非常智能的算法解决冲突，正则表达式自动解决冲突，集成ClearCase, SVN, Git, MS Visual Studio，可编辑合并文件，比较目录
它的键盘导航很棒:ctrl-箭头导航差分，ctrl- 1,2,3进行合并。
另外，请参阅https://stackoverflow.com/a/2434482/42473
Araxis合并。它很商业化，但它是如此值得……它适用于Windows和Mac OS X。
