Subversion、Git、Mercurial和其他版本支持三方合并(结合我的、他们的和“基础”版本)，并支持图形工具来解决冲突。
你用什么工具?Windows, Mac OS X, Linux，免费或商业，你能想到的。
下面是一些我用过或听说过的，只是为了开始对话:
KDiff3 DiffMerge P4Merge 融合 Beyond Compare Pro。
(我承认这有点像最佳差异工具，但它的不同之处在于我明确地专注于三方合并工具;例如，WinMerge就不在此列。)
当前回答
Araxis合并。它很商业化，但它是如此值得……它适用于Windows和Mac OS X。
其他回答
KDiff3 开源，跨平台
Linux和Windows相同的界面，非常智能的算法解决冲突，正则表达式自动解决冲突，集成ClearCase, SVN, Git, MS Visual Studio，可编辑合并文件，比较目录
它的键盘导航很棒:ctrl-箭头导航差分，ctrl- 1,2,3进行合并。
另外，请参阅https://stackoverflow.com/a/2434482/42473
Beyond Compare 3 Pro支持三向合并，这是一个非常令人印象深刻的合并工具。它是商业化的(但是值得一试，恕我直言)，可以在Windows、Linux和Mac OS X上使用。
正如评论中指出的那样，它也很便宜。
注意:如果没有合并集，也就是说合并标记驻留在目标文件中，Beyond Compare不提供三向文件比较/编辑。Beyond Compare表示，这项功能在他们的清单上。
注意:3-way merge是Beyond Compare 3 Pro版的一个功能
总之，我发现ECMerge是一个很棒的商业产品。http://www.elliecomputing.com/products/merge_overview.asp
我也同意telly先生的看法，ultraccompare非常好。一个很好的特性是它可以比较RTF和Word文档，当你和销售人员用Word编程而他们没有正确管理他们的文档时，这是很方便的。
Araxis合并。它很商业化，但它是如此值得……它适用于Windows和Mac OS X。
Ultracompare。它真的很好，处理大文件(超过1gb)很好，适用于Windows/Mac/Linux，而且它是商用的，但它是值得的。
