我不会以两种不同的方式存储哈希密码，因为这样的话，系统至少和正在使用的最弱的哈希算法一样弱。

最后，在数学上，双重哈希没有任何好处。然而，在实践中，它对于防止基于彩虹表的攻击是有用的。换句话说，它并不比使用salt进行哈希更有好处，后者在应用程序或服务器上占用的处理器时间要少得多。

在可预见的将来，SHA1和salt应该足够了(当然，这取决于您是为Fort Knox编写代码还是为购物清单编写登录系统)。如果SHA1不够好，可以使用SHA256。

The idea of a salt is to throw the hashing results off balance, so to say. It is known, for example, that the MD5-hash of an empty string is d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e. So, if someone with good enough a memory would see that hash and know that it's the hash of an empty string. But if the string is salted (say, with the string "MY_PERSONAL_SALT"), the hash for the 'empty string' (i.e. "MY_PERSONAL_SALT") becomes aeac2612626724592271634fb14d3ea6, hence non-obvious to backtrace. What I'm trying to say, that it's better to use any salt, than not to. Therefore, it's not too much of an importance to know which salt to use.

实际上有一些网站就是这样做的——你可以给它一个(md5)哈希值，它会吐出一个已知的明文来生成那个特定的哈希值。如果您要访问存储普通md5-哈希值的数据库，那么为这样的服务的管理员输入哈希值并登录就很简单了。但是，如果密码被加密，这样的服务将变得无效。

此外，双重哈希通常被认为是不好的方法，因为它减少了结果空间。所有流行哈希值都是固定长度的。因此，这个固定长度的值是有限的，结果变化不大。这可以被视为另一种形式的盐，但我不建议这样做。

我在这里找到了关于这个问题的完美主题:https://crackstation.net/hashing-security.htm，我希望你能从中受益，这里还有源代码，可以防止基于时间的攻击。

<?php
/*
 * Password hashing with PBKDF2.
 * Author: havoc AT defuse.ca
 * www: https://defuse.ca/php-pbkdf2.htm
 */

// These constants may be changed without breaking existing hashes.
define("PBKDF2_HASH_ALGORITHM", "sha256");
define("PBKDF2_ITERATIONS", 1000);
define("PBKDF2_SALT_BYTES", 24);
define("PBKDF2_HASH_BYTES", 24);

define("HASH_SECTIONS", 4);
define("HASH_ALGORITHM_INDEX", 0);
define("HASH_ITERATION_INDEX", 1);
define("HASH_SALT_INDEX", 2);
define("HASH_PBKDF2_INDEX", 3);

function create_hash($password)
{
    // format: algorithm:iterations:salt:hash
    $salt = base64_encode(mcrypt_create_iv(PBKDF2_SALT_BYTES, MCRYPT_DEV_URANDOM));
    return PBKDF2_HASH_ALGORITHM . ":" . PBKDF2_ITERATIONS . ":" .  $salt . ":" . 
        base64_encode(pbkdf2(
            PBKDF2_HASH_ALGORITHM,
            $password,
            $salt,
            PBKDF2_ITERATIONS,
            PBKDF2_HASH_BYTES,
            true
        ));
}

function validate_password($password, $good_hash)
{
    $params = explode(":", $good_hash);
    if(count($params) < HASH_SECTIONS)
       return false; 
    $pbkdf2 = base64_decode($params[HASH_PBKDF2_INDEX]);
    return slow_equals(
        $pbkdf2,
        pbkdf2(
            $params[HASH_ALGORITHM_INDEX],
            $password,
            $params[HASH_SALT_INDEX],
            (int)$params[HASH_ITERATION_INDEX],
            strlen($pbkdf2),
            true
        )
    );
}

// Compares two strings $a and $b in length-constant time.
function slow_equals($a, $b)
{
    $diff = strlen($a) ^ strlen($b);
    for($i = 0; $i < strlen($a) && $i < strlen($b); $i++)
    {
        $diff |= ord($a[$i]) ^ ord($b[$i]);
    }
    return $diff === 0; 
}

/*
 * PBKDF2 key derivation function as defined by RSA's PKCS #5: https://www.ietf.org/rfc/rfc2898.txt
 * $algorithm - The hash algorithm to use. Recommended: SHA256
 * $password - The password.
 * $salt - A salt that is unique to the password.
 * $count - Iteration count. Higher is better, but slower. Recommended: At least 1000.
 * $key_length - The length of the derived key in bytes.
 * $raw_output - If true, the key is returned in raw binary format. Hex encoded otherwise.
 * Returns: A $key_length-byte key derived from the password and salt.
 *
 * Test vectors can be found here: https://www.ietf.org/rfc/rfc6070.txt
 *
 * This implementation of PBKDF2 was originally created by https://defuse.ca
 * With improvements by http://www.variations-of-shadow.com
 */
function pbkdf2($algorithm, $password, $salt, $count, $key_length, $raw_output = false)
{
    $algorithm = strtolower($algorithm);
    if(!in_array($algorithm, hash_algos(), true))
        die('PBKDF2 ERROR: Invalid hash algorithm.');
    if($count <= 0 || $key_length <= 0)
        die('PBKDF2 ERROR: Invalid parameters.');

    $hash_length = strlen(hash($algorithm, "", true));
    $block_count = ceil($key_length / $hash_length);

    $output = "";
    for($i = 1; $i <= $block_count; $i++) {
        // $i encoded as 4 bytes, big endian.
        $last = $salt . pack("N", $i);
        // first iteration
        $last = $xorsum = hash_hmac($algorithm, $last, $password, true);
        // perform the other $count - 1 iterations
        for ($j = 1; $j < $count; $j++) {
            $xorsum ^= ($last = hash_hmac($algorithm, $last, $password, true));
        }
        $output .= $xorsum;
    }

    if($raw_output)
        return substr($output, 0, $key_length);
    else
        return bin2hex(substr($output, 0, $key_length));
}
?>

我只想指出，PHP 5.5包含一个密码哈希API，它提供了crypt()的包装器。这个API极大地简化了哈希、验证和重哈希密码哈希的任务。作者还发布了一个兼容性包(以您只需要使用的单个password.php文件的形式)，供那些使用PHP 5.3.7及以后版本并希望立即使用它的用户使用。

它目前只支持BCRYPT，但它的目标是轻松扩展到包括其他密码哈希技术，因为技术和成本存储为哈希的一部分，对您首选的哈希技术/成本的更改不会使当前哈希失效，框架将自动地在验证时使用正确的技术/成本。如果您没有显式地定义自己的盐，它还可以处理生成“安全”盐。

API公开了四个函数:

Password_get_info() -返回关于给定散列的信息 Password_hash()—创建密码散列 Password_needs_rehash()—检查给定的散列是否与给定的选项匹配。有用的检查散列是否符合您当前的技术/成本方案，允许您在必要时重新散列 Password_verify()—验证密码是否与散列匹配

目前，这些函数接受PASSWORD_BCRYPT和PASSWORD_DEFAULT密码常量，它们目前是同义词，区别在于PASSWORD_DEFAULT“在支持更新、更强的散列算法的新PHP版本中可能会改变”。在登录时使用PASSWORD_DEFAULT和password_needs_rehash()(并在必要时重新进行散列)应该确保您的散列对暴力攻击具有合理的弹性，几乎不需要做任何工作。

编辑:我刚刚意识到罗伯特·K的回答中简单提到了这一点。我将把这个答案留在这里，因为我认为它提供了更多关于它如何工作的信息，以及它为那些不了解安全性的人提供的易用性。

我不会以两种不同的方式存储哈希密码，因为这样的话，系统至少和正在使用的最弱的哈希算法一样弱。