要全局解决这个问题(在所有项目上)，按下ctrl + shift + r后，单击窗口右上角的三个点按钮，然后单击Select Working Set，勾选Java Main Source和Java Test Source，瞧。

在Project Explorer视图中显示或隐藏文件 您可以选择在一个导航视图中隐藏系统文件或生成的类文件。(系统文件是那些只有文件扩展名而没有文件名的文件，例如.classpath。)

在“项目资源管理器”的工具栏上，单击“菜单”按钮 按钮，打开显示选项的下拉菜单。选择自定义 查看. .,。 在打开的对话框中，选择Filters选项卡，然后选择 要隐藏的文件类型的复选框。在 此外，您可以将显示的文件限制为一个工作集。

在“项目资源管理器”的工具栏上，单击“菜单”按钮，打开显示选项的下拉菜单。 选择“选择工作集…” 从列表中选择一个现有的工作集，或者通过选择new创建一个新的工作集 检查在这里

一种选择是筛选派生资源。在“Open Resource”对话框的右上角有一个箭头，你可以点击弹出一个下拉菜单进行过滤。如果选中了“Show Derived Resources”选项，则取消选中。

如果你仍然看到'.class'文件，它们可能没有被标记为派生的。如果它们在自己的文件夹层次结构中，你可以通过右键单击根文件夹来编辑文件夹属性，并选中“Derived”复选框来修复这个问题。如果它们与你的“。java”文件混合在一起……不幸的是，你需要手动在每个'.class'文件上设置派生属性。

据我所知，没有办法将类文件标记为工作区的全局派生资源，但我相信当您创建一个新的Java项目时，'bin'文件夹默认被标记为派生(如果您使用默认向导设置)

以下是《日食开普勒》的一些截图。第一个例子展示了如何在“开放资源”对话框中取消勾选“显示派生资源”来过滤派生资源。第二部分展示了如何在资源上设置“Derived”属性。

要改变这种行为并隐藏“.class”文件，您需要执行以下操作。

在“项目资源管理器”窗口中找到类输出文件夹。对于Maven项目，这通常称为bin或target 右键单击此文件夹并单击属性 勾选Derived复选框(不勾选)，然后单击OK

.class文件将来会被隐藏。

来源:http://ayubmalik.co.uk/2011/12/hide-class-files-when-opening-a-type-or-resource-in-eclipse-ide/

要全局解决这个问题(在所有项目上)，按下ctrl + shift + r后，单击窗口右上角的三个点按钮，然后单击Select Working Set，勾选Java Main Source和Java Test Source，瞧。

右键单击项目并选择Properties 展开“资源”，单击“资源过滤器” 点击添加过滤器…创建一个新的筛选器 在打开的对话框中 选择“排除所有”和“文件”单选按钮 在文件和文件夹属性下输入*.class 单击OK

要排除整个目录层次结构，例如目标目录，选择“文件和文件夹”单选按钮和“所有子(递归)”复选框。

编辑

要完全清理开放资源对话框，请排除以下内容

* . class文件 本文件夹 文件夹建立 目标文件夹

如果不排除所有4个，它是行不通的。