对于希望在自定义并行熊猫应用代码上应用tqdm的任何人。
(多年来,我尝试了一些并行化的库,但我从未找到100%的并行化解决方案,主要是针对apply函数,而且我总是不得不回来查看我的“手动”代码。)
Df_multi_core——这是你要调用的。它接受:
df对象
要调用的函数名
函数可以执行的列的子集(有助于减少时间/内存)
并行运行的作业数量(-1或忽略所有核心)
df函数接受的任何其他kwargs(如“axis”)
_df_split——这是一个内部辅助函数,必须全局定位到正在运行的模块(Pool. split)。地图是“位置依赖”),否则我会在内部定位它..
以下是我的gist代码(我将在那里添加更多的pandas函数测试):
import pandas as pd
import numpy as np
import multiprocessing
from functools import partial
def _df_split(tup_arg, **kwargs):
split_ind, df_split, df_f_name = tup_arg
return (split_ind, getattr(df_split, df_f_name)(**kwargs))
def df_multi_core(df, df_f_name, subset=None, njobs=-1, **kwargs):
if njobs == -1:
njobs = multiprocessing.cpu_count()
pool = multiprocessing.Pool(processes=njobs)
try:
splits = np.array_split(df[subset], njobs)
except ValueError:
splits = np.array_split(df, njobs)
pool_data = [(split_ind, df_split, df_f_name) for split_ind, df_split in enumerate(splits)]
results = pool.map(partial(_df_split, **kwargs), pool_data)
pool.close()
pool.join()
results = sorted(results, key=lambda x:x[0])
results = pd.concat([split[1] for split in results])
return results
Bellow是一个使用tqdm“progress_apply”的并行应用的测试代码。
from time import time
from tqdm import tqdm
tqdm.pandas()
if __name__ == '__main__':
sep = '-' * 50
# tqdm progress_apply test
def apply_f(row):
return row['c1'] + 0.1
N = 1000000
np.random.seed(0)
df = pd.DataFrame({'c1': np.arange(N), 'c2': np.arange(N)})
print('testing pandas apply on {}\n{}'.format(df.shape, sep))
t1 = time()
res = df.progress_apply(apply_f, axis=1)
t2 = time()
print('result random sample\n{}'.format(res.sample(n=3, random_state=0)))
print('time for native implementation {}\n{}'.format(round(t2 - t1, 2), sep))
t3 = time()
# res = df_multi_core(df=df, df_f_name='apply', subset=['c1'], njobs=-1, func=apply_f, axis=1)
res = df_multi_core(df=df, df_f_name='progress_apply', subset=['c1'], njobs=-1, func=apply_f, axis=1)
t4 = time()
print('result random sample\n{}'.format(res.sample(n=3, random_state=0)))
print('time for multi core implementation {}\n{}'.format(round(t4 - t3, 2), sep))
在输出中,您可以看到在没有并行化的情况下运行的进度条,以及在并行化运行时的每个核心进度条。
有一个轻微的hickup,有时其余的核心出现在一次,但即使这样,我认为它是有用的,因为你得到每个核心的进度统计(它/秒和总记录,为ex)
感谢@abcdaa提供这么棒的图书馆!