答案被替换了(并变成了社区维基)，因为在这个帖子中有许多其他人的更新和注释:

ico和png都允许完全基于alpha通道的透明度 ICO允许向后兼容旧浏览器(例如IE6) PNG可能对透明度有更广泛的工具支持，但你也可以找到创建alpha通道ico的工具，比如@mercator提到的Dynamic Drive工具和Photoshop插件。

请在这里咨询其他答案以了解更多细节。

.png文件很好，但是.ico文件也提供alpha通道的透明度，而且它们还提供向后兼容性。

看看StackOverflow使用的是哪种类型(注意它是透明的):

<link rel="shortcut icon" href="https://cdn.sstatic.net/Sites/stackoverflow/Img/favicon.ico"> 
<link rel="apple-touch-icon" href="https://cdn.sstatic.net/Sites/stackoverflow/Img/apple-touch-icon.png">

apple-itouch是为iphone用户设计的一个网站快捷方式。

ico可以是png。

更准确地说，你可以在这个最小的容器格式中存储一个或多个png，而不是通常的位图+alpha，每个人都强烈地与ico关联。

Support已经很老了，出现在Windows Vista(2007)中，浏览器也很支持它，不过图标编辑软件不一定支持它。

任何有效的png(包括头)都可以以一个6字节的ico头和16字节的图像目录作为前缀。 GIMP具有本机支持。只需导出为ico，并勾选“压缩(PNG)”。

所有现代浏览器(在Chrome 4、Firefox 3.5、IE8、Opera 10和Safari 4上进行了测试)总是会请求favicon.ico，除非你通过<link>指定了一个快捷图标。因此，如果没有显式指定，最好始终使用favicon.ico文件，以避免出现404错误。雅虎建议你把它做得小一点，可缓存。

你也不必为了alpha透明度而使用PNG。ICO文件很好地支持alpha透明度(即32位颜色)，尽管几乎没有任何工具允许您创建它们。我经常使用动态驱动器的FavIcon生成器创建alpha透明的FavIcon .ico文件。这是我所知道的唯一能做到的在线工具。

还有一个免费的Photoshop插件可以创建它们。

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ico和png都允许完全基于alpha通道的透明度 ICO允许向后兼容旧浏览器(例如IE6) PNG可能对透明度有更广泛的工具支持，但你也可以找到创建alpha通道ico的工具，比如@mercator提到的Dynamic Drive工具和Photoshop插件。

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PNG有两个优点:它的尺寸更小，它的使用和支持更广泛(favicons除外)。 如前所述，ICO可以有多个大小的图标，这对桌面应用程序很有用，但对网站来说并不太多。 我建议你把favicon.ico放在应用程序的根目录中。一个如果你有访问你的网站页面的头部使用标签指向一个png文件。 旧的浏览器会显示favicon.ico，新浏览器显示png。

要创建Png和图标文件，我建议使用Gimp。