合并亚里士多德Pagaltzis和Uwe Kleine-König的答案和理查德布罗诺斯基的评论。

git symbolic-ref HEAD refs/heads/newroot
git rm --cached -r .
git clean -f -d
# touch .gitignore && git add .gitignore # if necessary
git commit --allow-empty -m 'initial'
git rebase --onto newroot --root master
git branch -d newroot

(只是为了把所有的东西放在一个地方)

切换根提交。

首先，创建您想要作为第一个提交的提交。

其次，使用以下命令切换提交顺序:

Git rebase -i—root

在根节点提交之前，会出现一个编辑器，比如:

选择1234旧根消息

在中间提交

选择你想放在根目录下的5678提交

然后，您可以将您想要的提交放在第一行中。在这个例子中:

选择你想放在根目录下的5678提交

选择1234旧根消息

在中间提交

退出编辑器，提交顺序将会改变。

PS:要更改git使用的编辑器，运行:

Git配置——全局核心。编辑name_of_the_editor_program_you_want_to_use

如果你忘记在"git init"之后立即创建一个空提交，那么在存储库的开始添加一个空提交:

git rebase --root --onto $(git commit-tree -m 'Initial commit (empty)' 4b825dc642cb6eb9a060e54bf8d69288fbee4904)

启动一个新的存储库。

将日期设置为您想要的开始日期。

按照你希望的方式做每件事，调整系统时间以反映你希望那样做的时间。根据需要从现有存储库中提取文件，以避免大量不必要的输入。

当您到达今天时，交换存储库，您就完成了。

如果你只是一个疯狂的(成熟的)但相当聪明的人(很可能，因为你必须有一定的智慧才能想出像这样疯狂的想法)，你将编写这个过程。

当你决定让过去的事情从现在开始以另一种方式发生时，这也会让事情变得更好。

遵循亚里士多德和其他人的回答，但使用更简单的命令

zsh% git checkout --orphan empty     
Switched to a new branch 'empty'
zsh% git rm --cached -r .
zsh% git clean -fdx
zsh% git commit --allow-empty -m 'initial empty commit'
[empty (root-commit) 64ea894] initial empty commit
zsh% git checkout master
Switched to branch 'master'
zsh% git rebase empty
First, rewinding head to replay your work on top of it...
zsh% git branch -d empty 
Deleted branch empty (was 64ea894).

请注意，您的回购不应该包含任何等待提交的本地修改。 注意git检出——孤儿将在新版本的git中工作，我猜。 注意，大多数时候git状态给出了有用的提示。

我认为使用git replace和git filter-branch是一个比使用git rebase更好的解决方案:

更好的性能 更简单，风险更低(你可以在每一步验证你的结果，并撤销你所做的…) 与多家分公司合作，工作成果有保证

它背后的理念是:

在过去创建一个新的空提交 用一个完全类似的提交替换旧的根提交，除了新的根提交被添加为父提交 验证一切都如预期的那样，并运行git filter-branch 再次验证一切正常，并清除不再需要的git文件

以下是前2步的脚本:

#!/bin/bash
root_commit_sha=$(git rev-list --max-parents=0 HEAD)
git checkout --force --orphan new-root
find . -path ./.git -prune -o -exec rm -rf {} \; 2> /dev/null
git add -A
GIT_COMMITTER_DATE="2000-01-01T12:00:00" git commit --date==2000-01-01T12:00:00 --allow-empty -m "empty root commit"
new_root_commit_sha=$(git rev-parse HEAD)

echo "The commit '$new_root_commit_sha' will be added before existing root commit '$root_commit_sha'..."

parent="parent $new_root_commit_sha"
replacement_commit=$(
 git cat-file commit $root_commit_sha | sed "s/author/$parent\nauthor/" |
 git hash-object -t commit -w --stdin
) || return 3
git replace "$root_commit_sha" "$replacement_commit"

您可以毫无风险地运行此脚本(即使在执行以前从未执行过的操作之前进行备份也是个好主意;))，如果结果不是预期的，只需删除在.git/refs/replace文件夹中创建的文件并重试;)

一旦您验证了存储库的状态是您所期望的，运行以下命令来更新所有分支的历史:

git filter-branch -- --all

现在，你必须看到2个历史记录，旧的和新的(更多信息请参阅filter-branch上的帮助)。您可以比较这两个并再次检查是否一切正常。如果您满意，删除不再需要的文件:

rm -rf ./.git/refs/original
rm -rf ./.git/refs/replace

你可以返回到你的主分支并删除临时分支:

git checkout master
git branch -D new-root

现在，一切都该完成了;)