我也遇到过类似的问题。原因是我使用的JDK的JRE与Windows系统中的默认JRE不同。

使用正确的java.exe解决了我的问题。

有可能是两个不同的签名者搞砸了java思维。

尝试从jar中删除META-INF文件夹，再次添加清单和签名jar，它帮助了我:http://jehy.ru/articles/2013/12/13/invalid-signature-file-digest-for-manifest-main-attributes/

安全性已经是一个棘手的话题，但我很失望地看到最流行的解决方案是删除安全性签名。JCE需要这些签名。Maven阴影会爆炸将签名放入META-INF的BouncyCastle jar文件，但BouncyCastle签名对新的超级jar无效(仅对BC jar有效)，这就是导致此线程中出现无效签名错误的原因。

是的，排除或删除@ruhsuzbaykus所建议的签名确实可以消除最初的错误，但它也可能导致新的、神秘的错误:

java.security.NoSuchAlgorithmException: PBEWithSHA256And256BitAES-CBC-BC SecretKeyFactory not available

通过显式指定查找算法的位置，如下所示:

SecretKeyFactory.getInstance("PBEWithSHA256And256BitAES-CBC-BC","BC");

我得到了一个不同的错误:

java.security.NoSuchProviderException: JCE cannot authenticate the provider BC

JCE无法对提供者进行身份验证，因为我们已经按照同一线程中其他地方的建议删除了加密签名。

我找到的解决方案是可执行的封装器插件，它使用jar-in-jar的方法将BouncyCastle签名保存在单个可执行的jar中。

更新:

另一种方法(正确的方法?)是使用Maven Jar签名器。这允许您继续使用Maven shade而不会出现安全错误。但是，你必须有一个代码签名证书(Oracle建议搜索“Java代码签名证书”)。POM配置如下所示:

<plugin>
    <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
    <artifactId>maven-shade-plugin</artifactId>
    <version>3.1.0</version>
    <executions>
        <execution>
            <phase>package</phase>
            <goals>
                <goal>shade</goal>
            </goals>
            <configuration>
                <filters>
                    <filter>
                        <artifact>org.bouncycastle:*</artifact>
                        <excludes>
                            <exclude>META-INF/*.SF</exclude>
                            <exclude>META-INF/*.DSA</exclude>
                            <exclude>META-INF/*.RSA</exclude>
                        </excludes>
                    </filter>
                </filters>
                <transformers>
                    <transformer implementation="org.apache.maven.plugins.shade.resource.ManifestResourceTransformer">
                        <mainClass>your.class.here</mainClass>
                    </transformer>
                </transformers>
                <shadedArtifactAttached>true</shadedArtifactAttached>
            </configuration>
        </execution>
    </executions>
</plugin>
<plugin>
    <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
    <artifactId>maven-jarsigner-plugin</artifactId>
    <version>1.4</version>
    <executions>
        <execution>
            <id>sign</id>
            <goals>
                <goal>sign</goal>
            </goals>
        </execution>
        <execution>
            <id>verify</id>
            <goals>
                <goal>verify</goal>
            </goals>
        </execution>
    </executions>
    <configuration>
        <keystore>/path/to/myKeystore</keystore>
        <alias>myfirstkey</alias>
        <storepass>111111</storepass>
        <keypass>111111</keypass>
    </configuration>
</plugin>

不，没有办法让JCE承认自签名的证书，所以如果你需要保留BouncyCastle证书，你必须使用jar-in-jar插件或获得JCE证书。

对于那些在尝试使用maven-shade-plugin创建阴影超级jar时遇到此错误的人，解决方案是通过在插件配置中添加以下行来排除清单签名文件:

<configuration>
    <filters>
        <filter>
            <artifact>*:*</artifact>
            <excludes>
                <exclude>META-INF/*.SF</exclude>
                <exclude>META-INF/*.DSA</exclude>
                <exclude>META-INF/*.RSA</exclude>
            </excludes>
        </filter>
    </filters>
    <!-- Additional configuration. -->
</configuration>

对于那些对已接受的解决方案有问题的人，有另一种方法可以使用dontincleresourcetransformer从阴影jar中排除资源:

https://maven.apache.org/plugins/maven-shade-plugin/examples/resource-transformers.html#DontIncludeResourceTransformer

          <transformers>
            <transformer implementation="org.apache.maven.plugins.shade.resource.DontIncludeResourceTransformer">
                <resource>BC1024KE.DSA</resource>
            </transformer>
          </transformers>

从Shade 3.0开始，这个转换器接受一个资源列表。在此之前，您只需要使用多个转换器，每个转换器具有一个资源。

我也遇到过同样的问题，经过参考，它的工作原理如下:

<plugin>
    <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
    <artifactId>maven-shade-plugin</artifactId>
    <version>3.2.1</version>
    <configuration>
        <createDependencyReducedPom>false</createDependencyReducedPom>
    </configuration>
    <executions>
        <execution>
            <phase>package</phase>
            <goals>
                <goal>shade</goal>
            </goals>
            <configuration>
                <filters>
                    <filter>
                        <artifact>*:*</artifact>
                        <excludes>
                            <exclude>META-INF/*.SF</exclude>
                            <exclude>META-INF/*.DSA</exclude>
                            <exclude>META-INF/*.RSA</exclude>
                        </excludes>
                    </filter>
                </filters>
            </configuration>
        </execution>
    </executions>
</plugin>