UseMethod("t")告诉您t()是一个(S3)泛型函数，它具有用于不同对象类的方法。
S3方法调度系统
对于S3类，可以使用methods函数列出特定泛型函数或类的方法。
> methods(t)
[1] t.data.frame t.default t.ts*
Non-visible functions are asterisked
> methods(class="ts")
[1] aggregate.ts as.data.frame.ts cbind.ts* cycle.ts*
[5] diffinv.ts* diff.ts kernapply.ts* lines.ts
[9] monthplot.ts* na.omit.ts* Ops.ts* plot.ts
[13] print.ts time.ts* [<-.ts* [.ts*
[17] t.ts* window<-.ts* window.ts*
Non-visible functions are asterisked
“带星号的非可见函数”表示函数没有从其包的命名空间导出。您仍然可以通过:::函数(即stats:::t.t ts)或使用getAnywhere()查看其源代码。getAnywhere()很有用，因为您不必知道函数来自哪个包。
> getAnywhere(t.ts)
A single object matching ‘t.ts’ was found
It was found in the following places
registered S3 method for t from namespace stats
namespace:stats
with value
function (x)
{
cl <- oldClass(x)
other <- !(cl %in% c("ts", "mts"))
class(x) <- if (any(other))
cl[other]
attr(x, "tsp") <- NULL
t(x)
}
<bytecode: 0x294e410>
<environment: namespace:stats>
S4方法调度系统
S4系统是一种较新的方法调度系统，是S3系统的替代方案。下面是一个S4函数的例子:
> library(Matrix)
Loading required package: lattice
> chol2inv
standardGeneric for "chol2inv" defined from package "base"
function (x, ...)
standardGeneric("chol2inv")
<bytecode: 0x000000000eafd790>
<environment: 0x000000000eb06f10>
Methods may be defined for arguments: x
Use showMethods("chol2inv") for currently available ones.
输出已经提供了大量信息。standardGeneric是S4函数的指示器。提供了查看已定义S4方法的有用方法:
> showMethods(chol2inv)
Function: chol2inv (package base)
x="ANY"
x="CHMfactor"
x="denseMatrix"
x="diagonalMatrix"
x="dtrMatrix"
x="sparseMatrix"
getMethod可以用来查看其中一个方法的源代码:
> getMethod("chol2inv", "diagonalMatrix")
Method Definition:
function (x, ...)
{
chk.s(...)
tcrossprod(solve(x))
}
<bytecode: 0x000000000ea2cc70>
<environment: namespace:Matrix>
Signatures:
x
target "diagonalMatrix"
defined "diagonalMatrix"
例如，对于每个方法，还有一些方法具有更复杂的签名
require(raster)
showMethods(extract)
Function: extract (package raster)
x="Raster", y="data.frame"
x="Raster", y="Extent"
x="Raster", y="matrix"
x="Raster", y="SpatialLines"
x="Raster", y="SpatialPoints"
x="Raster", y="SpatialPolygons"
x="Raster", y="vector"
要查看其中一个方法的源代码，必须提供完整的签名。
getMethod("extract" , signature = c( x = "Raster" , y = "SpatialPolygons") )
仅提供部分签名是不够的
getMethod("extract",signature="SpatialPolygons")
#Error in getMethod("extract", signature = "SpatialPolygons") :
# No method found for function "extract" and signature SpatialPolygons
调用未导出函数的函数
在ts.union的情况下，.cbindts和. makenamests是stats名称空间中未导出的函数。您可以使用:::operator或getAnywhere查看未导出函数的源代码。
> stats:::.makeNamesTs
function (...)
{
l <- as.list(substitute(list(...)))[-1L]
nm <- names(l)
fixup <- if (is.null(nm))
seq_along(l)
else nm == ""
dep <- sapply(l[fixup], function(x) deparse(x)[1L])
if (is.null(nm))
return(dep)
if (any(fixup))
nm[fixup] <- dep
nm
}
<bytecode: 0x38140d0>
<environment: namespace:stats>
调用已编译代码的函数
注意，“compiled”并不是指编译器包创建的字节编译的R代码。上面输出中的<bytecode: 0x294e410>行表示该函数是字节编译的，并且您仍然可以从R命令行查看源代码。
Functions that call .C, .Call, .Fortran, .External, .Internal, or .Primitive are calling entry points in compiled code, so you will have to look at sources of the compiled code if you want to fully understand the function. This GitHub mirror of the R source code is a decent place to start. The function pryr::show_c_source can be a useful tool as it will take you directly to a GitHub page for .Internal and .Primitive calls. Packages may use .C, .Call, .Fortran, and .External; but not .Internal or .Primitive, because these are used to call functions built into the R interpreter.
Calls to some of the above functions may use an object instead of a character string to reference the compiled function. In those cases, the object is of class "NativeSymbolInfo", "RegisteredNativeSymbol", or "NativeSymbol"; and printing the object yields useful information. For example, optim calls .External2(C_optimhess, res$par, fn1, gr1, con) (note that's C_optimhess, not "C_optimhess"). optim is in the stats package, so you can type stats:::C_optimhess to see information about the compiled function being called.
包中编译的代码
如果您想查看包中已编译的代码，则需要下载/解包包源代码。安装的二进制文件不够用。包的源代码可以从最初安装包的同一个CRAN(或CRAN兼容)存储库中获得。package()函数可以为您获取包的源代码。
download.packages(pkgs = "Matrix",
destdir = ".",
type = "source")
这将下载Matrix包的源版本，并将相应的.tar.gz文件保存在当前目录中。编译函数的源代码可以在未压缩和未tared文件的src目录中找到。解压缩和解压缩步骤可以在R外部完成，也可以在R内部使用untar()函数完成。可以将下载和扩展步骤合并到一个调用中(注意，以这种方式一次只能下载和解包一个包):
untar(download.packages(pkgs = "Matrix",
destdir = ".",
type = "source")[,2])
或者，如果包开发是公开托管的(例如通过GitHub, R-Forge或RForge.net)，你可能可以在线浏览源代码。
基本包中的编译代码
某些包被认为是“基本”包。这些包随R一起发布，它们的版本被锁定在R的版本上。示例包括base、compiler、stats和utils。因此，它们不能像上面描述的那样在CRAN上作为单独的可下载包提供。相反，它们是R源代码树的一部分，位于/src/library/下的各个包目录中。如何访问R源代码将在下一节中描述。
编译代码内置于R解释器
如果你想查看R解释器内置的代码，你需要下载/解包R源代码;或者你可以通过R Subversion存储库或Winston Chang的github镜像在线查看源代码。
Uwe Ligges的R新闻文章(PDF)(第43页)是关于如何查看. internal和. primitive函数源代码的良好参考。基本步骤是首先在src/main/names.c中查找函数名，然后在src/main/*文件中搜索“C-entry”名称。
