我现在遇到了一个关于存储库的问题，尽管我的Git-fu通常很好，但我似乎无法解决这个问题。
当我克隆这个存储库，然后cd到存储库，git状态显示几个文件被更改。注意:我没有在任何编辑器或其他工具中打开存储库。
我试着遵循这个指南:http://help.github.com/dealing-with-lineendings/，但这对我的问题一点帮助都没有。
我试过git checkout。很多次，但似乎什么也没做。
我使用的是Mac，存储库本身没有子模块。
Mac上的文件系统是“Journaled HFS+”文件系统，不区分大小写。这些文件只有一行，每个文件大约79 KB(是的，您没有听错)，因此查看git diff并没有特别有用。我听说过git的全局核心配置。trustctime false，这可能有帮助，当我回到存储库的计算机上时，我会尝试。
我用事实改变了文件系统的细节!我尝试了git配置——全局核心。Trustctime假把戏，效果不太好。
当前回答
我也遇到了同样的问题。在我的例子中，我克隆了存储库，一些文件立即丢失了。
这是由于文件的路径和文件名对Windows来说太长造成的。要解决该问题，请将存储库克隆到尽可能靠近硬盘驱动器根的位置，以减少文件路径的长度。例如，将其克隆到C:\A\GitRepo，而不是C:\ users Documents\yyy\Desktop\GitRepo。
其他回答
我想添加一个关于“为什么”会发生这种情况的更直接的答案，因为关于如何解决它已经有了一个很好的答案。
因此，.gitattributes有一个* text=auto设置，这导致了这个问题。
在我的例子中，GitHub主分支上的文件有\r\n个结尾。我已经拨出了存储库上的设置，以使用\n个结尾签入。但我不知道Git会检查出什么。它应该在我的Linux盒子(\n)上检出本机结尾，但我猜它检出了带有\r\n结尾的文件。Git抱怨是因为它看到了存储库中检出的\r\n个结尾，并警告我它将检入\n个设置。因此文件是“待修改”的。
这是我目前的理解。
在克隆了一个存储库之后，我在Mac上也遇到了同样的问题。它假定所有文件都已更改。
运行git config——global core后。输入时，它仍然将所有文件标记为已更改。在寻找修复后，我在主目录中遇到了.gitattributes文件，其中包含以下内容。
* text=auto
我把它注释掉了，从此以后任何其他克隆的存储库都可以正常工作。
这个问题也可能由不同的文件权限引起，就像我的情况一样:
新克隆的存储库(Windows, Cygwin):
$ git ls-tree HEAD
100755 blob 8099ea496a2c78d71125d79a05855f60ebf07904 testfile
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裸远程存储库(Linux):
$ git ls-tree HEAD
100644 blob 8099ea496a2c78d71125d79a05855f60ebf07904 testfile
↑↑↑
请执行以下命令。这也许能解决问题。
# Remove everything from the index.
git rm --cached -r .
# Write both the index and working directory from git's database.
git reset --hard
对于新版本的macOS，这可能是由操作系统的安全特性引起的。
在我工作的存储库中，有一个二进制文件带有*。App作为文件类型。
这只是一些序列化的数据，但macOS处理所有*。App文件作为一个应用程序，由于该文件没有被用户下载，系统认为它是不安全的，并添加了com.apple.quarantine文件属性，以确保该文件不能执行。
但是在文件上设置这个属性也会改变文件，因此它会显示在Git更改集中，而没有任何恢复它的方法。
您可以通过运行$ xattr file.app来检查是否有相同的问题。
解决方案非常简单，只要您不需要使用该文件。只要加上*。应用二进制到你的.gitattributes。
