对我来说，以下方法是有效的:

因为我没有也从来没有使用过Git，所以我创建了一个新项目(XCode 8，我看不到通常的“使用Git”或任何标记)。然后我直接删除了这个新项目中的所有文件;转到那个乱七八糟的旧项目，复制项目文件夹中的所有内容，回到新创建的项目，粘贴旧的东西，打开它——所有关于几个月前不存在的文件的警告都消失了。祈祷。

这是发生在你在Xcode上删除文件，但没有告诉svn服务器。

进入命令行工具，直接删除文件。

svn delete missingFile.m 

然后提交

svn commit -m "Deleting file"

注意:如果删除“。SVN”文件夹，该警告会消失，但会导致与SVN服务器失去通信。

我有同样的问题，并通过简单地将指定的文件从finder拖到项目导航器(确保“复制文件”在对话框中被选中)并提交文件来解决它。

这肯定与源代码控制有关。我重命名并移动了几个未提交的plist文件，得到了这个错误。我使用svn。我可以通过源代码控制-提交删除旧的引用文件来修复这个问题。

我有警告，也不能在XCode下提交更改(使用svn)。我所要做的就是重新启动XCode，问题就消失了。

一旦你提交了修改，警告就会消失(Xcode 8)。