对我来说，以下方法是有效的:

因为我没有也从来没有使用过Git，所以我创建了一个新项目(XCode 8，我看不到通常的“使用Git”或任何标记)。然后我直接删除了这个新项目中的所有文件;转到那个乱七八糟的旧项目，复制项目文件夹中的所有内容，回到新创建的项目，粘贴旧的东西，打开它——所有关于几个月前不存在的文件的警告都消失了。祈祷。

在XCode -> sourrecontrol:

更新+刷新状态帮我做到了。

我有同样的问题，并解决了它添加git。 打开命令行工具

cd "project folder path"
git add .

之后，重新启动Xcode项目并再次打开你的项目。

显示在目标->构建阶段->拷贝Bundle资源。 和 清除构建文件夹命令+shift+alt+k

在我的案例中，这是git和不区分大小写的文件系统的问题。

我无意中提交了两次相同的文件，使用的文件路径只在以防万一时不同:

MyProject/Resources/foo.png
MyProject/resources/foo.png

Xcode抱怨丢失了一个文件。

修正删除违规文件，并重新添加。

cd MyProject
mv Resources/foo.png /tmp
git rm Resources/foo.png
git rm resources/foo.png
git commit
mv /tmp/foo.png Resources
git add Resources/foo.png
git commit

我有警告，也不能在XCode下提交更改(使用svn)。我所要做的就是重新启动XCode，问题就消失了。