Python中是否有SciPy函数或NumPy函数或模块来计算给定特定窗口的1D数组的运行平均值?


当前回答

上述所有的解决方案都很差,因为它们缺乏

由于本机python而不是numpy向量化实现, 数值稳定性,由于numpy使用不当。cumsum或 由于O(len(x) * w)实现为卷积的速度。

鉴于

import numpy
m = 10000
x = numpy.random.rand(m)
w = 1000

注意x_[:w].sum()等于x[:w-1].sum()。因此,对于第一个平均值,numpy.cumsum(…)加上x[w] / w(通过x_[w+1] / w),并减去0(从x_[0] / w)。结果是x[0:w].mean()

通过cumsum,您将通过添加x[w+1] / w并减去x[0] / w来更新第二个平均值,从而得到x[1:w+1].mean()。

这将一直进行,直到到达x[-w:].mean()。

x_ = numpy.insert(x, 0, 0)
sliding_average = x_[:w].sum() / w + numpy.cumsum(x_[w:] - x_[:-w]) / w

这个解是向量化的,O(m),可读且数值稳定。

其他回答

虽然这里有这个问题的解决方案,但请看看我的解决方案。这是非常简单和工作良好。

import numpy as np
dataset = np.asarray([1, 2, 3, 4, 5, 6, 7])
ma = list()
window = 3
for t in range(0, len(dataset)):
    if t+window <= len(dataset):
        indices = range(t, t+window)
        ma.append(np.average(np.take(dataset, indices)))
else:
    ma = np.asarray(ma)

另一个解决方案是使用标准库和deque:

from collections import deque
import itertools

def moving_average(iterable, n=3):
    # http://en.wikipedia.org/wiki/Moving_average
    it = iter(iterable) 
    # create an iterable object from input argument
    d = deque(itertools.islice(it, n-1))  
    # create deque object by slicing iterable
    d.appendleft(0)
    s = sum(d)
    for elem in it:
        s += elem - d.popleft()
        d.append(elem)
        yield s / n

# example on how to use it
for i in  moving_average([40, 30, 50, 46, 39, 44]):
    print(i)

# 40.0
# 42.0
# 45.0
# 43.0

出于教学目的,让我再添加两个Numpy解决方案(比cumsum解决方案慢):

import numpy as np
from numpy.lib.stride_tricks import as_strided

def ra_strides(arr, window):
    ''' Running average using as_strided'''
    n = arr.shape[0] - window + 1
    arr_strided = as_strided(arr, shape=[n, window], strides=2*arr.strides)
    return arr_strided.mean(axis=1)

def ra_add(arr, window):
    ''' Running average using add.reduceat'''
    n = arr.shape[0] - window + 1
    indices = np.array([0, window]*n) + np.repeat(np.arange(n), 2)
    arr = np.append(arr, 0)
    return np.add.reduceat(arr, indices )[::2]/window

使用的函数:as_strided, add.reduceat

如果你选择自己生成,而不是使用现有的库,请注意浮点错误并尽量减少其影响:

class SumAccumulator:
    def __init__(self):
        self.values = [0]
        self.count = 0

    def add( self, val ):
        self.values.append( val )
        self.count = self.count + 1
        i = self.count
        while i & 0x01:
            i = i >> 1
            v0 = self.values.pop()
            v1 = self.values.pop()
            self.values.append( v0 + v1 )

    def get_total(self):
        return sum( reversed(self.values) )

    def get_size( self ):
        return self.count

如果所有的值都是大致相同的数量级,那么这将通过始终添加大致相似的数量级值来帮助保持精度。

上面的一个答案中有一个mab的注释,它有这个方法。瓶颈有move_mean,这是一个简单的移动平均:

import numpy as np
import bottleneck as bn

a = np.arange(10) + np.random.random(10)

mva = bn.move_mean(a, window=2, min_count=1)

Min_count是一个很方便的参数,它可以取数组中该点的移动平均值。如果你不设置min_count,它将等于window,并且直到window points的所有内容都将是nan。