下面是@gyim的回答的一个稍微改进的版本(IMHO)。他在主工作副本中做了很多危险的改变，我认为在独立的克隆上操作，然后在最后将它们合并在一起要容易得多。

在一个单独的目录中(使错误更容易清理并再次尝试)检出顶部回购和子回购。

git clone ../main_repo main.tmp
git clone ../main_repo/sub_repo sub.tmp

首先编辑subrepo以将所有文件移动到所需的子目录中

cd sub.tmp
mkdir sub_repo_path
git mv `ls | grep -v sub_repo_path` sub_repo_path/
git commit -m "Moved entire subrepo into sub_repo_path"

注意头部

SUBREPO_HEAD=`git reflog | awk '{ print $1; exit; }'`

现在从主回购中删除子回购

cd ../main.tmp
rmdir sub_repo_path
vi .gitmodules  # remove config for submodule
git add -A
git commit -m "Removed submodule sub_repo_path in preparation for merge"

最后，合并它们

git fetch ../sub.tmp
# remove --allow-unrelated-histories if using git older than 2.9.0
git merge --allow-unrelated-histories $SUBREPO_HEAD

并完成了!安全而且没有任何魔法。

Git rm——缓存了the_submodule_path 从.gitmodules文件中删除子模块部分，或者如果它是唯一的子模块，则删除该文件。 执行一个提交"removed submodule xyz" Git添加了_submodule_path 另一次提交“添加xyz的代码库”

我还没找到更简单的方法。你可以通过git commit -a把3-5压缩到一个步骤中——这取决于你的喜好。

基于VonC的回答，我创建了一个简单的bash脚本。最后的add必须使用通配符，否则它将撤销子模块本身先前的rm。重要的是要添加子模块目录的内容，而不是在add命令中命名目录本身。

在一个名为git- integration -submodule的文件中:

#!/usr/bin/env bash
mv "$1" "${1}_"
git submodule deinit "$1"
git rm "$1"
mv "${1}_" "$1"
git add "$1/**"

如果你只是想把你的子模块代码放到主库中，你只需要删除子模块，并将文件重新添加到主库中:

git rm --cached submodule_path # delete reference to submodule HEAD (no trailing slash)
git rm .gitmodules             # if you have more than one submodules,
                                # you need to edit this file instead of deleting!
rm -rf submodule_path/.git     # make sure you have backup!!
git add submodule_path         # will add files instead of commit reference
git commit -m "remove submodule"

如果还想保留子模块的历史，可以使用一个小技巧:将子模块“合并”到主存储库中，这样结果将与以前相同，只是子模块文件现在位于主存储库中。

在主模块中，你需要做以下工作:

# Fetch the submodule commits into the main repository
git remote add submodule_origin git://url/to/submodule/origin
git fetch submodule_origin

# Start a fake merge (won't change any files, won't commit anything)
git merge -s ours --no-commit submodule_origin/master

# Do the same as in the first solution
git rm --cached submodule_path # delete reference to submodule HEAD
git rm .gitmodules             # if you have more than one submodules,
                                # you need to edit this file instead of deleting!
rm -rf submodule_path/.git     # make sure you have backup!!
git add submodule_path         # will add files instead of commit reference

# Commit and cleanup
git commit -m "removed submodule"
git remote rm submodule_origin

生成的存储库看起来有点奇怪:将会有多个初始提交。但是它不会给Git带来任何问题。

第二种解决方案的一大优点是，您仍然可以在最初位于子模块中的文件上运行git blame或git log。实际上，这里所发生的只是在一个存储库中重命名了许多文件，Git应该自动检测到这一点。如果你仍然有git日志的问题，尝试一些选项(例如，——follow， -M， -C)，它们可以更好地重命名和复制检测。

这里有很多答案，但它们似乎都过于复杂，可能不能达到你想要的效果。我相信大多数人都想保留他们的历史。

在这个例子中，主repo将是git@site.com:main/main.git，子模块repo将是git@site.com:main/child.git。这假设子模块位于父repo的根目录中。根据需要调整说明书。

首先克隆父repo并删除旧的子模块。

git clone git@site.com:main/main.git
git submodule deinit child
git rm child
git add --all
git commit -m "remove child submodule"

现在我们将把子回购添加到主回购的上游。

git remote add upstream git@site.com:main/child.git
git fetch upstream
git checkout -b merge-prep upstream/master

下一步假设您希望将merge-prep分支上的文件移动到与上面的子模块相同的位置，尽管您可以通过更改文件路径轻松更改位置。

mkdir child

将除.git文件夹外的所有文件夹和文件移动到子文件夹中。

git add --all
git commit -m "merge prep"

现在您可以简单地将文件合并回主分支。

git checkout master
git merge merge-prep # --allow-unrelated-histories merge-prep flag may be required 

在运行git push之前，环顾四周，确保一切看起来都很好

你现在必须记住的一件事是，git日志默认情况下不会跟踪移动的文件，但是通过运行git log——follow filename，你可以看到你文件的完整历史。

对我们来说，我们为两个项目创建了两个存储库，它们是如此耦合，以至于将它们分开没有任何意义，所以我们合并了它们。

我将首先展示如何合并每个主分支，然后解释如何将其扩展到你得到的每个分支，希望它能帮助到你。

如果你让子模块工作，你想把它转换成一个目录，你可以这样做:

git clone project_uri project_name

这里我们做了一个干净的克隆来工作。对于这个过程，您不需要初始化或更新子模块，所以跳过它。

cd project_name
vim .gitmodules

使用您喜欢的编辑器(或Vim)编辑.gitmodules以删除您计划替换的子模块。你需要删除的线条应该看起来像这样:

[submodule "lib/asi-http-request"]
    path = lib/asi-http-request
    url = https://github.com/pokeb/asi-http-request.git

保存文件后，

git rm --cached directory_of_submodule
git commit -am "Removed submodule_name as submodule"
rm -rf directory_of_submodule

在这里，我们完全删除了子模块关系，这样我们就可以就地创建将另一个repo带入项目。

git remote add -f submodule_origin submodule_uri
git fetch submodel_origin/master

这里我们获取要合并的子模块存储库。

git merge -s ours --no-commit submodule_origin/master

这里我们开始两个存储库的合并操作，但在提交之前停止。

git read-tree --prefix=directory_of_submodule/ -u submodule_origin/master

在这里，我们将子模块中的master内容发送到添加目录名前缀之前的目录

git commit -am "submodule_name is now part of main project"

在这里，我们完成了在合并中提交更改的过程。

完成此操作后，您可以推送，并重新开始使用任何其他分支来合并，只需签出存储库中将接收更改的分支，并更改您在合并和读取树操作中引入的分支。