下面是@gyim的回答的一个稍微改进的版本(IMHO)。他在主工作副本中做了很多危险的改变，我认为在独立的克隆上操作，然后在最后将它们合并在一起要容易得多。

在一个单独的目录中(使错误更容易清理并再次尝试)检出顶部回购和子回购。

git clone ../main_repo main.tmp
git clone ../main_repo/sub_repo sub.tmp

首先编辑subrepo以将所有文件移动到所需的子目录中

cd sub.tmp
mkdir sub_repo_path
git mv `ls | grep -v sub_repo_path` sub_repo_path/
git commit -m "Moved entire subrepo into sub_repo_path"

注意头部

SUBREPO_HEAD=`git reflog | awk '{ print $1; exit; }'`

现在从主回购中删除子回购

cd ../main.tmp
rmdir sub_repo_path
vi .gitmodules  # remove config for submodule
git add -A
git commit -m "Removed submodule sub_repo_path in preparation for merge"

最后，合并它们

git fetch ../sub.tmp
# remove --allow-unrelated-histories if using git older than 2.9.0
git merge --allow-unrelated-histories $SUBREPO_HEAD

并完成了!安全而且没有任何魔法。

Git rm——缓存了the_submodule_path 从.gitmodules文件中删除子模块部分，或者如果它是唯一的子模块，则删除该文件。 执行一个提交"removed submodule xyz" Git添加了_submodule_path 另一次提交“添加xyz的代码库”

我还没找到更简单的方法。你可以通过git commit -a把3-5压缩到一个步骤中——这取决于你的喜好。

下面是@gyim的回答的一个稍微改进的版本(IMHO)。他在主工作副本中做了很多危险的改变，我认为在独立的克隆上操作，然后在最后将它们合并在一起要容易得多。

在一个单独的目录中(使错误更容易清理并再次尝试)检出顶部回购和子回购。

git clone ../main_repo main.tmp
git clone ../main_repo/sub_repo sub.tmp

首先编辑subrepo以将所有文件移动到所需的子目录中

cd sub.tmp
mkdir sub_repo_path
git mv `ls | grep -v sub_repo_path` sub_repo_path/
git commit -m "Moved entire subrepo into sub_repo_path"

注意头部

SUBREPO_HEAD=`git reflog | awk '{ print $1; exit; }'`

现在从主回购中删除子回购

cd ../main.tmp
rmdir sub_repo_path
vi .gitmodules  # remove config for submodule
git add -A
git commit -m "Removed submodule sub_repo_path in preparation for merge"

最后，合并它们

git fetch ../sub.tmp
# remove --allow-unrelated-histories if using git older than 2.9.0
git merge --allow-unrelated-histories $SUBREPO_HEAD

并完成了!安全而且没有任何魔法。

基于VonC的回答，我创建了一个简单的bash脚本。最后的add必须使用通配符，否则它将撤销子模块本身先前的rm。重要的是要添加子模块目录的内容，而不是在add命令中命名目录本身。

在一个名为git- integration -submodule的文件中:

#!/usr/bin/env bash
mv "$1" "${1}_"
git submodule deinit "$1"
git rm "$1"
mv "${1}_" "$1"
git add "$1/**"

当

git rm [-r] --cached submodule_path

返回

fatal: pathspec 'emr/normalizers/' did not match any files

背景:我在子模块文件夹中执行了rm -r .git*，然后才意识到它们需要在我刚刚添加它们的主项目中去子模块化。我得到了上面的错误去子模化一些，但不是所有的。不管怎样，我通过运行(当然，在rm -r .git*之后)来修复它们。

mv submodule_path submodule_path.temp
git add -A .
git commit -m "De-submodulization phase 1/2"
mv submodule_path.temp submodule_path
git add -A .
git commit -m "De-submodulization phase 2/2"

注意，这并不能保存历史。

从git 1.8.5(2013年11月)开始(没有保留子模块的历史):

mv yoursubmodule yoursubmodule_tmp
git submodule deinit yourSubmodule
git rm yourSubmodule
mv yoursubmodule_tmp yoursubmodule
git add yoursubmodule

将:

注销和卸载(即删除子模块的内容)(deinit，因此mv先)， 清理你的。gitmodules (rm)， 并删除父repo (rm)索引中表示子模块SHA1的特殊条目。

一旦子模块的删除完成(deinit和git rm)，您可以重命名文件夹为原来的名称，并将其作为常规文件夹添加到git repo中。

注意:如果子模块是由旧Git(< 1.8)创建的，您可能需要删除子模块本身中嵌套的.git文件夹，正如Simon East所评论的那样

如果你需要保留子模块的历史，请参阅jsears的答案，它使用git filter-branch。