我找到的最佳答案是:

http://x3ro.de/2013/09/01/Integrating-a-submodule-into-the-parent-repository.html

这篇文章很好地解释了这个过程。

下面是@gyim的回答的一个稍微改进的版本(IMHO)。他在主工作副本中做了很多危险的改变，我认为在独立的克隆上操作，然后在最后将它们合并在一起要容易得多。

在一个单独的目录中(使错误更容易清理并再次尝试)检出顶部回购和子回购。

git clone ../main_repo main.tmp
git clone ../main_repo/sub_repo sub.tmp

首先编辑subrepo以将所有文件移动到所需的子目录中

cd sub.tmp
mkdir sub_repo_path
git mv `ls | grep -v sub_repo_path` sub_repo_path/
git commit -m "Moved entire subrepo into sub_repo_path"

注意头部

SUBREPO_HEAD=`git reflog | awk '{ print $1; exit; }'`

现在从主回购中删除子回购

cd ../main.tmp
rmdir sub_repo_path
vi .gitmodules  # remove config for submodule
git add -A
git commit -m "Removed submodule sub_repo_path in preparation for merge"

最后，合并它们

git fetch ../sub.tmp
# remove --allow-unrelated-histories if using git older than 2.9.0
git merge --allow-unrelated-histories $SUBREPO_HEAD

并完成了!安全而且没有任何魔法。

如果你只是想把你的子模块代码放到主库中，你只需要删除子模块，并将文件重新添加到主库中:

git rm --cached submodule_path # delete reference to submodule HEAD (no trailing slash)
git rm .gitmodules             # if you have more than one submodules,
                                # you need to edit this file instead of deleting!
rm -rf submodule_path/.git     # make sure you have backup!!
git add submodule_path         # will add files instead of commit reference
git commit -m "remove submodule"

如果还想保留子模块的历史，可以使用一个小技巧:将子模块“合并”到主存储库中，这样结果将与以前相同，只是子模块文件现在位于主存储库中。

在主模块中，你需要做以下工作:

# Fetch the submodule commits into the main repository
git remote add submodule_origin git://url/to/submodule/origin
git fetch submodule_origin

# Start a fake merge (won't change any files, won't commit anything)
git merge -s ours --no-commit submodule_origin/master

# Do the same as in the first solution
git rm --cached submodule_path # delete reference to submodule HEAD
git rm .gitmodules             # if you have more than one submodules,
                                # you need to edit this file instead of deleting!
rm -rf submodule_path/.git     # make sure you have backup!!
git add submodule_path         # will add files instead of commit reference

# Commit and cleanup
git commit -m "removed submodule"
git remote rm submodule_origin

生成的存储库看起来有点奇怪:将会有多个初始提交。但是它不会给Git带来任何问题。

第二种解决方案的一大优点是，您仍然可以在最初位于子模块中的文件上运行git blame或git log。实际上，这里所发生的只是在一个存储库中重命名了许多文件，Git应该自动检测到这一点。如果你仍然有git日志的问题，尝试一些选项(例如，——follow， -M， -C)，它们可以更好地重命名和复制检测。

从git 1.8.5(2013年11月)开始(没有保留子模块的历史):

mv yoursubmodule yoursubmodule_tmp
git submodule deinit yourSubmodule
git rm yourSubmodule
mv yoursubmodule_tmp yoursubmodule
git add yoursubmodule

将:

注销和卸载(即删除子模块的内容)(deinit，因此mv先)， 清理你的。gitmodules (rm)， 并删除父repo (rm)索引中表示子模块SHA1的特殊条目。

一旦子模块的删除完成(deinit和git rm)，您可以重命名文件夹为原来的名称，并将其作为常规文件夹添加到git repo中。

注意:如果子模块是由旧Git(< 1.8)创建的，您可能需要删除子模块本身中嵌套的.git文件夹，正如Simon East所评论的那样

如果你需要保留子模块的历史，请参阅jsears的答案，它使用git filter-branch。

当

git rm [-r] --cached submodule_path

返回

fatal: pathspec 'emr/normalizers/' did not match any files

背景:我在子模块文件夹中执行了rm -r .git*，然后才意识到它们需要在我刚刚添加它们的主项目中去子模块化。我得到了上面的错误去子模化一些，但不是所有的。不管怎样，我通过运行(当然，在rm -r .git*之后)来修复它们。

mv submodule_path submodule_path.temp
git add -A .
git commit -m "De-submodulization phase 1/2"
mv submodule_path.temp submodule_path
git add -A .
git commit -m "De-submodulization phase 2/2"

注意，这并不能保存历史。

我找到的最佳答案是:

http://x3ro.de/2013/09/01/Integrating-a-submodule-into-the-parent-repository.html

这篇文章很好地解释了这个过程。