我找到的最佳答案是:

http://x3ro.de/2013/09/01/Integrating-a-submodule-into-the-parent-repository.html

这篇文章很好地解释了这个过程。

下面是@gyim的回答的一个稍微改进的版本(IMHO)。他在主工作副本中做了很多危险的改变，我认为在独立的克隆上操作，然后在最后将它们合并在一起要容易得多。

在一个单独的目录中(使错误更容易清理并再次尝试)检出顶部回购和子回购。

git clone ../main_repo main.tmp
git clone ../main_repo/sub_repo sub.tmp

首先编辑subrepo以将所有文件移动到所需的子目录中

cd sub.tmp
mkdir sub_repo_path
git mv `ls | grep -v sub_repo_path` sub_repo_path/
git commit -m "Moved entire subrepo into sub_repo_path"

注意头部

SUBREPO_HEAD=`git reflog | awk '{ print $1; exit; }'`

现在从主回购中删除子回购

cd ../main.tmp
rmdir sub_repo_path
vi .gitmodules  # remove config for submodule
git add -A
git commit -m "Removed submodule sub_repo_path in preparation for merge"

最后，合并它们

git fetch ../sub.tmp
# remove --allow-unrelated-histories if using git older than 2.9.0
git merge --allow-unrelated-histories $SUBREPO_HEAD

并完成了!安全而且没有任何魔法。

我找到的最佳答案是:

http://x3ro.de/2013/09/01/Integrating-a-submodule-into-the-parent-repository.html

这篇文章很好地解释了这个过程。

对我们来说，我们为两个项目创建了两个存储库，它们是如此耦合，以至于将它们分开没有任何意义，所以我们合并了它们。

我将首先展示如何合并每个主分支，然后解释如何将其扩展到你得到的每个分支，希望它能帮助到你。

如果你让子模块工作，你想把它转换成一个目录，你可以这样做:

git clone project_uri project_name

这里我们做了一个干净的克隆来工作。对于这个过程，您不需要初始化或更新子模块，所以跳过它。

cd project_name
vim .gitmodules

使用您喜欢的编辑器(或Vim)编辑.gitmodules以删除您计划替换的子模块。你需要删除的线条应该看起来像这样:

[submodule "lib/asi-http-request"]
    path = lib/asi-http-request
    url = https://github.com/pokeb/asi-http-request.git

保存文件后，

git rm --cached directory_of_submodule
git commit -am "Removed submodule_name as submodule"
rm -rf directory_of_submodule

在这里，我们完全删除了子模块关系，这样我们就可以就地创建将另一个repo带入项目。

git remote add -f submodule_origin submodule_uri
git fetch submodel_origin/master

这里我们获取要合并的子模块存储库。

git merge -s ours --no-commit submodule_origin/master

这里我们开始两个存储库的合并操作，但在提交之前停止。

git read-tree --prefix=directory_of_submodule/ -u submodule_origin/master

在这里，我们将子模块中的master内容发送到添加目录名前缀之前的目录

git commit -am "submodule_name is now part of main project"

在这里，我们完成了在合并中提交更改的过程。

完成此操作后，您可以推送，并重新开始使用任何其他分支来合并，只需签出存储库中将接收更改的分支，并更改您在合并和读取树操作中引入的分支。

从git 1.8.5(2013年11月)开始(没有保留子模块的历史):

mv yoursubmodule yoursubmodule_tmp
git submodule deinit yourSubmodule
git rm yourSubmodule
mv yoursubmodule_tmp yoursubmodule
git add yoursubmodule

将:

注销和卸载(即删除子模块的内容)(deinit，因此mv先)， 清理你的。gitmodules (rm)， 并删除父repo (rm)索引中表示子模块SHA1的特殊条目。

一旦子模块的删除完成(deinit和git rm)，您可以重命名文件夹为原来的名称，并将其作为常规文件夹添加到git repo中。

注意:如果子模块是由旧Git(< 1.8)创建的，您可能需要删除子模块本身中嵌套的.git文件夹，正如Simon East所评论的那样

如果你需要保留子模块的历史，请参阅jsears的答案，它使用git filter-branch。

基于VonC的回答，我创建了一个简单的bash脚本。最后的add必须使用通配符，否则它将撤销子模块本身先前的rm。重要的是要添加子模块目录的内容，而不是在add命令中命名目录本身。

在一个名为git- integration -submodule的文件中:

#!/usr/bin/env bash
mv "$1" "${1}_"
git submodule deinit "$1"
git rm "$1"
mv "${1}_" "$1"
git add "$1/**"