对于那些使用SSH连接到MySQL数据库的人来说，这里似乎缺少一个答案。你需要检查两个地方，而不是其他答案建议的1:

工作台编辑→首选项→SQL编辑器→DBMS

工作台编辑→首选项→SSH→超时

我的默认SSH超时设置得很低，导致了一些(但显然不是全部)超时问题。之后，不要忘记重新启动MySQL工作台!

最后，你可以联系你的数据库管理员，让他们通过my.conf + mysql restart来增加mysql自身的wait_timeout和interactive_timeout属性，如果重启mysql不是一个选项，也可以做一个全局设置。

希望这能有所帮助!

我有这个错误消息，由于一个问题后升级Mysql。在我尝试进行任何查询后，错误立即出现

检查mysql错误日志文件在/var/log/mysql路径下

在我的情况下，重新分配Mysql的所有者Mysql系统文件夹为我工作

chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql

检查有关

OOM on /var/log/messages ,
modify innodb_buffer_pool_size value ; when load data , use 50% of os mem ; 

希望这能有所帮助

这发生在我身上，因为我的innodb_buffer_pool_size被设置为大于服务器上可用的RAM大小。事情因此被中断，然后它发出这个错误。修复方法是用正确的innodb_buffer_pool_size设置更新my.cnf。

进入工作台编辑→首选项→SQL编辑器→DBMS连接读取超时时间:高达3000。 错误不再发生。

这通常意味着你有“与当前版本的MySQL服务器不兼容”，参见mysql_upgrade。我也遇到了同样的问题，我不得不跑掉:

mysql_upgrade——密码 文档声明，“mysql_upgrade应该在每次升级MySQL时执行”。