对于那些使用SSH连接到MySQL数据库的人来说，这里似乎缺少一个答案。你需要检查两个地方，而不是其他答案建议的1:

工作台编辑→首选项→SQL编辑器→DBMS

工作台编辑→首选项→SSH→超时

我的默认SSH超时设置得很低，导致了一些(但显然不是全部)超时问题。之后，不要忘记重新启动MySQL工作台!

最后，你可以联系你的数据库管理员，让他们通过my.conf + mysql restart来增加mysql自身的wait_timeout和interactive_timeout属性，如果重启mysql不是一个选项，也可以做一个全局设置。

希望这能有所帮助!

检查有关

OOM on /var/log/messages ,
modify innodb_buffer_pool_size value ; when load data , use 50% of os mem ; 

希望这能有所帮助

此错误消息有三个可能的原因

通常这表明网络连接有问题，如果经常发生这种错误，您应该检查网络的状况 有时，当数百万行作为一个或多个查询的一部分发送时，就会出现“during query”形式。 更罕见的情况是，当客户端尝试到服务器的初始连接时，也会发生这种情况

更多细节请阅读>>

原因2:

SET GLOBAL interactive_timeout=60;

从默认的30秒到60秒或更长时间

原因3:

SET GLOBAL connect_timeout=60;

如果这里所有其他解决方案都失败了，请检查您的syslog (/var/log/syslog或类似)，看看您的服务器在查询期间是否内存不足。

当innodb_buffer_pool_size设置得太接近物理内存而没有配置交换文件时出现此问题。MySQL建议将innodb_buffer_pool_size设置为物理内存的80%左右，我将其设置为90%左右，内核正在杀死MySQL进程。将innodb_buffer_pool_size移回80%左右，解决了这个问题。

如果您正在使用SQL工作台，您可以尝试使用索引，通过添加索引到您的表，要添加索引，单击扳手(扳手)符号在表上，它应该打开表的设置，下面，单击索引视图，键入索引名称并设置类型为索引，在索引列中，选择表中的主列。

对其他表上的其他主键执行相同的步骤。

有时候你的SQL-Server会陷入死锁，我已经遇到过这个问题100次了。你可以重启你的电脑/笔记本电脑来重启服务器(简单的方法)，或者你可以去任务管理器>services> your - server - name(对我来说，它是MySQL785之类的)。然后右键单击> restart。 重试执行查询。