除了以上的答案，

当在YAML头中设置选项number_sections: true时:

number_sections: TRUE

RMarkdown会自动为你的章节编号。

要引用这些自动编号的部分，只需在您的R Markdown文件中放入以下内容:

(我的部分)

Where My Section是Section的名称

这似乎不管section级别都有效:

#我的部分

##我的部分

###我的部分

在Markdown规范中没有这样的指令，抱歉。

通用解决方案

根据markdown的实现，这个问题似乎有不同的答案。 事实上，官方Markdown文档对这个话题只字未提。 在这种情况下，如果您想要一个可移植的解决方案，您可以使用HTML。

在任何标题之前，或在同一标题行中，使用一些HTML标记定义一个ID。 例如:<a id="Chapter1"></a> . 您将在代码中看到这一点，但在呈现的文档中看不到。

完整的例子:

请在这里查看完整的示例(在线和可编辑)。

## Content

* [Chapter 1](#Chapter1)
* [Chapter 2](#Chapter2)

<div id="Chapter1"></div>
## Chapter 1

Some text here.  
Some text here.
Some text here.

## Chapter 2 <span id="Chapter2"><span>

Some text here.  
Some text here.
Some text here.

为了测试这个例子，您必须在内容列表和第一章之间增加一些额外的空间，或者降低窗口的高度。 另外，不要在id的名称中使用空格。

在pandoc中，如果在生成html时使用——toc选项，将生成一个包含到章节的链接的目录，并从章节标题返回到目录。它类似于pandoc编写的其他格式，如LaTeX、rtf、rst等。对于命令

pandoc --toc happiness.txt -o happiness.html

这里有一点降价:

% True Happiness

Introduction
------------

Many have posed the question of true happiness.  In this blog post we propose to
solve it.

First Attempts
--------------

The earliest attempts at attaining true happiness of course aimed at pleasure. 
Soon, though, the downside of pleasure was revealed.

将产生这个作为html的主体:

<h1 class="title">
    True Happiness
</h1>
<div id="TOC">
    <ul>
        <li>
            <a href="#introduction">Introduction</a>
        </li>
        <li>
            <a href="#first-attempts">First Attempts</a>
        </li>
    </ul>
</div>
<div id="introduction">
    <h2>
        <a href="#TOC">Introduction</a>
    </h2>
    <p>
        Many have posed the question of true happiness. In this blog post we propose to solve it.
    </p>
</div>
<div id="first-attempts">
    <h2>
        <a href="#TOC">First Attempts</a>
    </h2>
    <p>
        The earliest attempts at attaining true happiness of course aimed at pleasure. Soon, though, the downside of pleasure was revealed.
    </p>
</div>

关于<a name="">技巧的更多旋转:

<a id="a-link"></a> Title
------

#### <a id="a-link"></a> Title (when you wanna control the h{N} with #'s)

使用kramdown，看起来效果不错:

[I want this to link to foo](#foo)
....
....
{: id="foo"}
### Foo are you?

我看到有人提到过

[foo][#foo]
....
#Foo

工作效率很高，但对于除标题外的元素或具有多个单词的其他标题，前者可能是一个很好的选择。