除了以上的答案，

当在YAML头中设置选项number_sections: true时:

number_sections: TRUE

RMarkdown会自动为你的章节编号。

要引用这些自动编号的部分，只需在您的R Markdown文件中放入以下内容:

(我的部分)

Where My Section是Section的名称

这似乎不管section级别都有效:

#我的部分

##我的部分

###我的部分

关于<a name="">技巧的更多旋转:

<a id="a-link"></a> Title
------

#### <a id="a-link"></a> Title (when you wanna control the h{N} with #'s)

在Markdown规范中没有这样的指令，抱歉。

这可能是过时的线程，但创建内部文档链接markdown在Github使用… (注意:小写#title)

# Contents
 - [Specification](#specification) 
 - [Dependencies Title](#dependencies-title) 

## Specification
Example text blah. Example text blah. Example text blah. Example text blah. 
Example text blah. Example text blah. Example text blah. Example text blah. 
Example text blah. Example text blah. Example text blah. Example text blah. 
Example text blah. Example text blah. 

## Dependencies Title
Example text blah. Example text blah. Example text blah. Example text blah. 
Example text blah. Example text blah. Example text blah. Example text blah. 
Example text blah. Example text blah. Example text blah. Example text blah. 
Example text blah. Example text blah. 

这是一个很好的问题，所以我修改了我的答案;

可以使用- #，##，###，####创建到任何大小的标题的内部链接 我在下面创建了一个简单的例子… https://github.com/aogilvie/markdownLinkTest

是的，markdown确实做到了这一点，但你需要指定名称anchor <a name='xyx'>。

一个完整的例子，

这就创建了链接 (任务)(#任务)

在文档的其他地方，您创建了命名锚(不管它叫什么)。

<a name="tasks">
   my tasks
</a>

注意，你也可以把它环绕在标题上。

<a name="tasks">
### Agile tasks (created by developer)
</a>

通用解决方案

根据markdown的实现，这个问题似乎有不同的答案。 事实上，官方Markdown文档对这个话题只字未提。 在这种情况下，如果您想要一个可移植的解决方案，您可以使用HTML。

在任何标题之前，或在同一标题行中，使用一些HTML标记定义一个ID。 例如:<a id="Chapter1"></a> . 您将在代码中看到这一点，但在呈现的文档中看不到。

完整的例子:

请在这里查看完整的示例(在线和可编辑)。

## Content

* [Chapter 1](#Chapter1)
* [Chapter 2](#Chapter2)

<div id="Chapter1"></div>
## Chapter 1

Some text here.  
Some text here.
Some text here.

## Chapter 2 <span id="Chapter2"><span>

Some text here.  
Some text here.
Some text here.

为了测试这个例子，您必须在内容列表和第一章之间增加一些额外的空间，或者降低窗口的高度。 另外，不要在id的名称中使用空格。