我使用了WebStorm中的IDE修复功能，没有删除.idea，以便重新显示文件夹。

为了完整性，添加这个答案。我在使用15.0.6时遇到了这个问题。我真的从Maven或Gradle导入一个模块，它通过了这个过程，但模块没有出现。我尝试删除。idea文件并重新启动。卸载并安装最新版本(社区2016.2)解决了这个问题。

Intellij在解决所有依赖项后导入项目。在我的情况下，它无法解决某些模块的依赖关系，并被卡在那里。我必须将Maven settings.xml从本地回收复制到默认的.m2文件夹，以便将其指向正确的本地回收。

如果你有一个与你的项目根文件夹同名的gradle模块，gradle导入将取代你的顶层模块配置并完全改变你的视图。

确保没有与根目录同名的gradle模块。

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在IntelliJ IDEA中看不到项目文件夹

这可能是因为项目没有定义任何模块。尝试通过点击File > New > Module from existing Sources来添加现有的源代码，并选择项目的父目录

我在从intellij 15 (v143)升级到2016.3 (v163)后遇到了这个问题。我也有一个间歇错误启动关于“加载错误:未定义的路径变量”与一个神秘的变量名。

在对这里提出的大多数解决方案进行了无数次尝试之后(重新导入项目，使缓存无效并重新启动，检查项目结构和路径……)，唯一有效的是完全重新安装Intellij(删除~/. exe)。idea* ~/. intellijidea *)，并在“您是否愿意迁移以前的设置”问题处选择“否”。

这终于奏效了。