对于使用roxygen(2)记录类,指定标题和描述/细节似乎与函数、方法、数据等相同。然而,槽和继承是它们自己的一种动物。在roxygen2中记录S4类的最佳实践(当前的或计划的)是什么?
尽职调查:
我发现在roxygen的早期描述中提到了@slot标签。
2008年R-forge邮件列表帖子
似乎表明这已经死了,
并且roxygen中不支持@slot:
roxygen2也是这样吗?前面提到的文章建议用户应该使用LaTeX标记创建自己的逐项列表。例如,扩展“character”类的新S4类将像这样编码和记录:
#' The title for my S4 class that extends \code{"character"} class.
#'
#' Some details about this class and my plans for it in the body.
#'
#' \describe{
#' \item{myslot1}{A logical keeping track of something.}
#'
#' \item{myslot2}{An integer specifying something else.}
#'
#' \item{myslot3}{A data.frame holding some data.}
#' }
#' @name mynewclass-class
#' @rdname mynewclass-class
#' @exportClass mynewclass
setClass("mynewclass",
representation(myslot1="logical",
myslot2="integer",
myslot3="data.frame"),
contains = "character"
)
然而,尽管这样做是有效的,但是这种用于记录槽的\describe, \item方法似乎与roxygen(2)的其余部分不一致,因为没有@-分隔的标记,并且槽可以在没有roxygenize()反对的情况下被记录。它也没有说明以一致的方式记录所定义类的继承。我认为使用@import标记依赖关系通常仍然可以正常工作(如果特定插槽需要来自另一个包的非基类)。
那么,总结一下,目前roxygen(2)插槽的最佳实践是什么?
目前似乎有三种选择可供考虑:
A——分项列表(如上面的例子)。
B——@槽…但是我错过了额外的标签/实现。我无法让@slot在版本中使用roxygen / roxygen2
它是作为示例中逐项列表的替换而包含的
以上。同样,上述例子也适用于roxygen(2)。
C——一些用于指定槽的替代标记,比如@param,可以完成同样的事情。
我从github上roxygen2开发页面上的一篇文章中借用/扩展了这个问题。
Roxygen2 5.0.1的更新答案,目前为7.2.0
对于S4,现在的最佳实践是使用@slot标记进行记录:
#' The title for my S4 class that extends \code{"character"} class.
#'
#' Some details about this class and my plans for it in the body.
#'
#' @slot myslot1 A logical keeping track of something.
#' @slot myslot2 An integer specifying something else.
#' @slot myslot3 A data.frame holding some data.
#'
#' @name mynewclass-class
#' @rdname mynewclass-class
#' @export
另外,@exportClass只在某些情况下是必要的,现在导出函数的一般方法是使用@export。您也不必导出一个类,除非您希望其他包能够扩展该类。
参见http://r-pkgs.had.co.nz/namespace.html#exports
Roygen2 3.0.0的更新答案,目前为5.0.1。
对于S4,最佳实践是以下格式的文档:
#' \section{Slots}{
#' \describe{
#' \item{\code{a}:}{Object of class \code{"numeric"}.}
#' \item{\code{b}:}{Object of class \code{"character"}.}
#' }
#' }
这与槽在对象内部作为列表的内部表示是一致的。正如您所指出的,这个语法与其他行不同,我们可能希望将来有一个更健壮的解决方案,它包含继承的知识——但目前还不存在。
正如@Brian Diggs所指出的,这个功能被拉进了3.0.0,进一步的讨论在https://github.com/klutometis/roxygen/pull/85
Roxygen2 5.0.1的更新答案,目前为7.2.0
对于S4,现在的最佳实践是使用@slot标记进行记录:
#' The title for my S4 class that extends \code{"character"} class.
#'
#' Some details about this class and my plans for it in the body.
#'
#' @slot myslot1 A logical keeping track of something.
#' @slot myslot2 An integer specifying something else.
#' @slot myslot3 A data.frame holding some data.
#'
#' @name mynewclass-class
#' @rdname mynewclass-class
#' @export
另外,@exportClass只在某些情况下是必要的,现在导出函数的一般方法是使用@export。您也不必导出一个类,除非您希望其他包能够扩展该类。
参见http://r-pkgs.had.co.nz/namespace.html#exports
Roygen2 3.0.0的更新答案,目前为5.0.1。
对于S4,最佳实践是以下格式的文档:
#' \section{Slots}{
#' \describe{
#' \item{\code{a}:}{Object of class \code{"numeric"}.}
#' \item{\code{b}:}{Object of class \code{"character"}.}
#' }
#' }
这与槽在对象内部作为列表的内部表示是一致的。正如您所指出的,这个语法与其他行不同,我们可能希望将来有一个更健壮的解决方案,它包含继承的知识——但目前还不存在。
正如@Brian Diggs所指出的,这个功能被拉进了3.0.0,进一步的讨论在https://github.com/klutometis/roxygen/pull/85