亚里士多德Pagaltzis回答的git-stitch-repo只适用于具有简单线性历史的存储库。

MiniQuark的答案适用于所有存储库，但它不处理标记和分支。

我创建了一个与MiniQuark描述的工作方式相同的程序，但是它使用一个合并提交(有N个父级)，并且还重新创建了指向这些合并提交的所有标记和分支。

有关如何使用它的示例，请参阅git-merge-repos存储库。

借助IntelliJ IDEA Community Edition中的git集成，我手动将3个git存储库合并为一个。

Create a new repo, add a new commit to the master branch with an empty README.md file. Add three remotes for the new repo, using the name of the 3 repositories and the remote URL of them respectively. Run Git Fetch. Create a new local branch named temp based on the master branch, so we can start over without pollute the master branch. Checkout the temp branch. Select to only show commits of one remote branch(one repository). Select all the commits and right click to Cherry-Pick them. Create directory structure for this repository, then move the files into it and commit. Repeat the step 4 to 6 for the other 2 remote branch(repository). When everything is OK, merge all the changes in the temp branch into master branch.

然后添加主分支的原始远程URL并推送到它。

亚里士多德Pagaltzis回答的git-stitch-repo只适用于具有简单线性历史的存储库。

MiniQuark的答案适用于所有存储库，但它不处理标记和分支。

我创建了一个与MiniQuark描述的工作方式相同的程序，但是它使用一个合并提交(有N个父级)，并且还重新创建了指向这些合并提交的所有标记和分支。

有关如何使用它的示例，请参阅git-merge-repos存储库。

下面是我给出的一个解决方案:

First do a complete backup of your phd directory: I don't want to be held responsible for your losing years of hard work! ;-) $ cp -r phd phd-backup Move the content of phd/code to phd/code/code, and fix the history so that it looks like it has always been there (this uses git's filter-branch command): $ cd phd/code $ git filter-branch --index-filter \ 'git ls-files -s | sed "s#\t#&code/#" | GIT_INDEX_FILE=$GIT_INDEX_FILE.new \ git update-index --index-info && mv $GIT_INDEX_FILE.new $GIT_INDEX_FILE' HEAD Same for the content of phd/figures and phd/thesis (just replace code with figures and thesis).

现在你的目录结构应该是这样的:

    phd
      |_code
      |    |_.git
      |    |_code
      |         |_(your code...)
      |_figures
      |    |_.git
      |    |_figures
      |         |_(your figures...)
      |_thesis
           |_.git
           |_thesis
                |_(your thesis...)

然后在根目录中创建一个git存储库，将所有内容都拉到其中，并删除旧的存储库: $ CD博士 $ git init $ git拉码 $ rm -rf code/code $ rm -rf代码/.git $ git拉数据-允许不相关的历史 $ rm -rf figures/数字 $ rm -rf数字/.git $ git拉论文-允许不相关的历史 $ rm -rf thesis/thesis $ rm -rf thesis/.git

最后，你现在应该得到你想要的:

    phd
      |_.git
      |_code
      |    |_(your code...)
      |_figures
      |    |_(your figures...)
      |_thesis
           |_(your thesis...)

这个过程的一个优点是，它将保留不受版本控制的文件和目录。

不过，只有一个警告:如果您的代码目录已经有一个代码子目录或文件，情况可能会非常糟糕(当然，对于图表和论文也是如此)。如果是这种情况，在执行整个过程之前，只需重命名该目录或文件:

$ cd phd/code
$ git mv code code-repository-migration
$ git commit -m "preparing the code directory for migration"

当程序完成后，添加最后一步:

$ cd phd
$ git mv code/code-repository-migration code/code
$ git commit -m "final step for code directory migration"

当然，如果代码子目录或文件没有版本控制，只需使用mv而不是git mv，忘记git的提交。

@MiniQuark解决方案帮助了我很多，但不幸的是，它没有考虑到源存储库中的标记(至少在我的情况下)。以下是我对@ mini夸克答案的改进。

First create directory which will contain composed repo and merged repos, create directory for each merged one. $ mkdir new_phd $ mkdir new_phd/code $ mkdir new_phd/figures $ mkdir new_phd/thesis Do a pull of each repository and fetch all tags. (Presenting instructions only for code sub-directory) $ cd new_phd/code $ git init $ git pull ../../original_phd/code master $ git fetch ../../original_phd/code refs/tags/*:refs/tags/* (This is improvement to point 2 in MiniQuark answer) Move the content of new_phd/code to new_phd/code/code and add code_ prefeix before each tag $ git filter-branch --index-filter 'git ls-files -s | sed "s-\t\"*-&code/-" | GIT_INDEX_FILE=$GIT_INDEX_FILE.new git update-index --index-info && mv $GIT_INDEX_FILE.new $GIT_INDEX_FILE' --tag-name-filter 'sed "s-.*-code_&-"' HEAD After doing so there will be twice as many tags as it was before doing filter-branch. Old tags remain in repo and new tags with code_ prefix are added. $ git tag mytag1 code_mytag1 Remove old tags manually: $ ls .git/refs/tags/* | grep -v "/code_" | xargs rm Repeat point 2,3,4 for other subdirectories Now we have structure of directories as in @MiniQuark anwser point 3. Do as in point 4 of MiniQuark anwser, but after doing a pull and before removing .git dir, fetch tags: $ git fetch catalog refs/tags/*:refs/tags/* Continue..

这是另一个解。希望它能帮助别人，它帮助了我:)

git-stitch-repo将在命令行中给出的git存储库上处理git-fast-export——all——date-order的输出，并创建一个适合于git-fast-import的流，该流将创建一个新的存储库，其中包含一个新的提交树中的所有提交，该提交树尊重所有源存储库的历史。