之所以会出现这种情况，是因为子模块的指针并不是子模块目录中的实际内容。要解决这个问题，你必须再次运行git子模块update:

十年后的2021年1月更新:

"git diff"(man)显示子模块工作树中有未跟踪的cruft，如submodule commit <objectname>-dirty，但一个自然的期望是"-dirty"指示符将与"git describe -dirty"(man)对齐，该指示符不认为工作树中有未跟踪的文件是脏文件的来源。 Git 2.31 (Q1 2021)已经修复了不一致的问题。

参见Sangeeta Jain (sangu09)提交的8ef9312(2020年11月10日)。 (由Junio C Hamano—gitster—在commit 0806279中合并，2021年1月25日)

Diff:不显示未跟踪文件的子模块为"-dirty" 署名:Sangeeta Jain

Git diff reports a submodule directory as -dirty even when there are only untracked files in the submodule directory. This is inconsistent with what git describe --dirty(man) says when run in the submodule directory in that state. Make --ignore-submodules=untracked the default for git diff(man) when there is no configuration variable or command line option, so that the command would not give '-dirty' suffix to a submodule whose working tree has untracked files, to make it consistent with git describe --dirty that is run in the submodule working tree. And also make --ignore-submodules=none the default for git status(man) so that the user doesn't end up deleting a submodule that has uncommitted (untracked) files.

Git配置现在包括在它的手册页:

默认情况下，这设置为untracked，以便任何untracked 子模块被忽略。

原答案(2011)

正如Mark Longair的博客文章Git子模块解释中提到的，

git的1.7.0及更高版本包含了git子模块行为中一个恼人的变化。 现在，如果子模块有任何修改过的文件或未跟踪的文件，那么它们就被视为脏的，而在以前，只有当子模块中的HEAD指向错误的提交时才会被视为脏的。

在git子模块的输出中，加号(+)的含义已经发生了变化，当你第一次遇到这个问题时，需要一段时间才能弄清楚哪里出了问题，例如通过查看changelogs或在git上使用git平分。Git找到变化。对用户来说，引入一个不同的符号表示“在指定的版本，但肮脏”会更友好。

你可以通过以下方法修复:

在返回父repo (diff不应该再报告“脏”文件)之前，在每个子模块中提交或撤销更改/演进。要撤消对子模块的所有更改，只需cd到子模块的根目录并执行git签出。

dotnetCarpenter注释，你可以做一个:git子模块foreach——递归git签出。

或者在你的git diff中添加——ignore-submodules，暂时忽略那些“脏”子模块。

Git 1.7.2新版功能

正如下面Noam的评论，这个问题提到，从git版本1.7.2开始，你可以忽略脏子模块:

git status --ignore-submodules=dirty

同样，删除子模块，然后运行git子模块init和git子模块update显然也可以达到这个目的，但可能并不总是合适的或可能的。

要忽略任何子模块中所有未跟踪的文件，使用以下命令忽略这些更改。

git config --global diff.ignoreSubmodules dirty

它将添加以下配置选项到您的本地git配置:

[diff]
  ignoreSubmodules = dirty

更多信息可以在这里找到

检查子模块的递归性。我的问题是我的子模块错误地指向了他内部的另一个子模块。

我最终删除了子模块目录，并再次初始化它

cd my-submodule
git push
cd ../
rm -rf my-submodule
git submodule init
git submodule update